[CP2K:6206] Error in compiling CP2K trunk version with PLUMED-2.1.1
Hang Xiao
xiaoh... at gmail.com
Mon Mar 9 14:46:06 UTC 2015
Hi Iain,
Thank you for your help.
I have modified Arch file in the way you mentioned:
# CP2K 2.6 Tested with: GFortran 4.9.1, OPENMPI 1.6.5
include /usr/local/lib/plumed/src/lib/Plumed.inc
EXTERNAL_OBJECTS=$(PLUMED_STATIC_DEPENDENCIES)
CC = cc
CPP =
FC = mpif90
LD = mpif90
AR = ar -r
DFLAGS = -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2
CPPFLAGS =
FCFLAGS = $(DFLAGS) -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g
LDFLAGS = $(FCFLAGS)
LIBS = -L/usr/lib -lscalapack-openmpi -lblacsF77init-openmpi
-lblacs-openmpi -llapack -lblas -lfftw3 -lz -ldl -lstdc++
OBJECTS_ARCHITECTURE = machine_gfortran.o
But it still does not work. I have attached the output in attachment.
Best,
Hang
PhD student
Room 829, Mudd Building
Department of Earth and Environmental Engineering
Columbia University
New York, NY, 10027
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An HTML attachment was scrubbed...
URL: <https://lists.cp2k.org/archives/cp2k-user/attachments/20150309/dfb056c2/attachment.htm>
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Discovering programs ...
Removing stale archives for popt ...
Resolving dependencies for popt ...
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"kinds.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/base/kinds.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"acc_stream.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/acc/acc_stream.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"acc_kinds.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/acc/acc_kinds.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"array_types.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/base/array_types.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"btree_i8_k_sp2d_v.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/base/btree_i8_k_sp2d_v.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"btree_i8_k_dp2d_v.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/base/btree_i8_k_dp2d_v.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"btree_i8_k_cp2d_v.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/base/btree_i8_k_cp2d_v.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"btree_i8_k_zp2d_v.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/base/btree_i8_k_zp2d_v.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"min_heap.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/dist/min_heap.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"dbcsr_mm_types.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/mm/dbcsr_mm_types.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"smm.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/mm/smm.F
cc -c /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/libsmm_acc/libclsmm/libclsmm.c
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"acc_device.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/acc/acc_device.F
cc -c /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/acc/opencl/acc_opencl_mem.c
cc -c /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/acc/opencl/acc_opencl_stream.c
cc -c /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/acc/opencl/acc_opencl_dev.c
cc -c /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/acc/opencl/acc_opencl_error.c
cc -c /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/acc/opencl/acc_opencl_event.c
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"cp_para_types.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/common/cp_para_types.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"glob_matching.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/common/glob_matching.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"kahan_sum.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/common/kahan_sum.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"xml_parser.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/common/xml_parser.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"fft_kinds.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/pw/fft/fft_kinds.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"xc_input_constants.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/xc/xc_input_constants.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"xc_f90_types_m.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/xc/xc_f90_types_m.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"machine_architecture_types.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/ma/machine_architecture_types.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"ma_kinds.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/ma/ma_kinds.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"ma_config.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/ma/ma_config.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"pilaenv_hack.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/pilaenv_hack.F
cc -c /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/sockets.c
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"libxc_funcs_m.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/xc/libxc_funcs_m.F
cc -c /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/machine/ma_linux.c
cc -c /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/machine/ma_hwloc.c
cc -c /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/machine/ma_topology_cray.c
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"dbcsr_array_i4_sort.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/base/dbcsr_array_i4_sort.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"dbcsr_array_d_sort.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/base/dbcsr_array_d_sort.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"dbcsr_array_i8_sort.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/base/dbcsr_array_i8_sort.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"dbcsr_array_s_sort.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/base/dbcsr_array_s_sort.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"acc_hostmem.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/acc/acc_hostmem.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"dbcsr_geev.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/arnoldi/dbcsr_geev.F
Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libclsmm.a
ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libclsmm.a
Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kaccopencl.a
ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kaccopencl.a
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"timings_base_type.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/common/timings_base_type.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"dict_str_i4.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/common/dict_str_i4.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"cuda_profiling.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/common/cuda_profiling.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"graph_utils.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/metadyn_tools/graph_utils.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"mathconstants.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/common/mathconstants.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"cp_array_i8_sort.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/common/cp_array_i8_sort.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"cp_array_r_sort.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/common/cp_array_r_sort.F
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"cp_array_i4_sort.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/common/cp_array_i4_sort.F
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Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kmachine.a
ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kmachine.a
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Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kacc.a
ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kacc.a
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Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kbase.a
ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kbase.a
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Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kgrid.a
ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kgrid.a
Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kmpiwrap.a
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"dbcsr_error_handling.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/dbcsr/error/dbcsr_error_handling.F
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ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kmpiwrap.a
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ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libdbcsrerr.a
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Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kfft.a
ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kfft.a
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Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kmetadyn_tools.a
ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kmetadyn_tools.a
Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kcommon.a
ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kcommon.a
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Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kma.a
ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libcp2kma.a
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Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libdbcsrdata.a
ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libdbcsrdata.a
mpif90 -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -L/home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt -o /home/xxx007/cp2k/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran2/graph.popt graph.o /usr/local/lib/plumed///src/analysis/Analysis.o /usr/local/lib/plumed///src/analysis/AnalysisWithLandmarks.o /usr/local/lib/plumed///src/analysis/ClassicalMultiDimensionalScaling.o /usr/local/lib/plumed///src/analysis/ClassicalScaling.o /usr/local/lib/plumed///src/analysis/Commit.o /usr/local/lib/plumed///src/analysis/Histogram.o /usr/local/lib/plumed///src/analysis/LandmarkRegister.o /usr/local/lib/plumed///src/analysis/LandmarkSelectionBase.o /usr/local/lib/plumed///src/analysis/SelectAllFrames.o /usr/local/lib/plumed///src/bias/ABMD.o /usr/local/lib/plumed///src/bias/Bias.o 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Updating archive /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libdbcsrbase.a
ar: creating /home/xxx007/cp2k/cp2k/lib/Linux-x86-64-gfortran2/popt/libdbcsrbase.a
mpif90 -c -D__FFTSG -D__parallel -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D__PLUMED2 -ffree-form -O2 -ffast-math -march=opteron -cpp -g -D__COMPILE_ARCH="\"Linux-x86-64-gfortran2\"" -D__COMPILE_DATE="\"Mon Mar 9 07:23:19 PDT 2015\"" -D__COMPILE_HOST="\"ubuntu\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:15125\"" -D__SHORT_FILE__="\"input_val_types.F\"" /home/xxx007/cp2k/cp2k/src/input/input_val_types.F
/usr/local/lib/plumed///src/analysis/Analysis.o: In function `MPI::Op::Init(void (*)(void const*, void*, int, MPI::Datatype const&), bool)':
Analysis.cpp:(.text._ZN3MPI2Op4InitEPFvPKvPviRKNS_8DatatypeEEb[MPI::Op::Init(void (*)(void const*, void*, int, MPI::Datatype const&), bool)]+0x21): undefined reference to `ompi_mpi_cxx_op_intercept'
/usr/local/lib/plumed///src/analysis/Analysis.o: In function `MPI::Graphcomm::Clone() const':
Analysis.cpp:(.text._ZNK3MPI9Graphcomm5CloneEv[MPI::Graphcomm::Clone() const]+0x23): undefined reference to `MPI::Comm::Comm()'
/usr/local/lib/plumed///src/analysis/Analysis.o: In function `MPI::Intracomm::Clone() const':
Analysis.cpp:(.text._ZNK3MPI9Intracomm5CloneEv[MPI::Intracomm::Clone() const]+0x27): undefined reference to `MPI::Comm::Comm()'
/usr/local/lib/plumed///src/analysis/Analysis.o: In function `MPI::Intracomm::Create_cart(int, int const*, bool const*, bool) const':
Analysis.cpp:(.text._ZNK3MPI9Intracomm11Create_cartEiPKiPKbb[MPI::Intracomm::Create_cart(int, int const*, bool const*, bool) const]+0x8e): undefined reference to `MPI::Comm::Comm()'
/usr/local/lib/plumed///src/analysis/Analysis.o: In function `MPI::Intracomm::Create_graph(int, int const*, int const*, bool) const':
Analysis.cpp:(.text._ZNK3MPI9Intracomm12Create_graphEiPKiS2_b[MPI::Intracomm::Create_graph(int, int const*, int const*, bool) const]+0x26): undefined reference to `MPI::Comm::Comm()'
/usr/local/lib/plumed///src/analysis/Analysis.o: In function `MPI::Cartcomm::Sub(bool const*)':
Analysis.cpp:(.text._ZN3MPI8Cartcomm3SubEPKb[MPI::Cartcomm::Sub(bool const*)]+0x74): undefined reference to `MPI::Comm::Comm()'
/usr/local/lib/plumed///src/analysis/Analysis.o:Analysis.cpp:(.text._ZNK3MPI8Cartcomm5CloneEv[MPI::Cartcomm::Clone() const]+0x23): more undefined references to `MPI::Comm::Comm()' follow
/usr/local/lib/plumed///src/analysis/Analysis.o:(.data.rel.ro._ZTVN3MPI8DatatypeE[vtable for MPI::Datatype]+0x78): undefined reference to `MPI::Datatype::Free()'
/usr/local/lib/plumed///src/analysis/Analysis.o:(.data.rel.ro._ZTVN3MPI3WinE[vtable for MPI::Win]+0x48): undefined reference to `MPI::Win::Free()'
/usr/local/lib/plumed///src/tools/Stopwatch.o: In function `PLMD::Stopwatch::Time::get()':
Stopwatch.cpp:(.text+0x73): undefined reference to `clock_gettime'
collect2: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [/home/xxx007/cp2k/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran2/graph.popt] Error 1
make[3]: *** Waiting for unfinished jobs....
make[2]: *** [all] Error 2
make[1]: *** [popt] Error 2
make: *** [all] Error 2
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