bond problem

Axel akoh... at gmail.com
Sat Apr 4 23:02:30 UTC 2009



On Apr 4, 5:41 pm, John <johnb... at gmail.com> wrote:
> Dear all,
>
> I'm trying to reproduce Blumberger & Sprik’s article. “Quantum versus
> classical electron transfer energy as reaction coordinate for aqueous
> Ru2+/Ru3+ redox reaction”  I want to calculate Ru2+ and Ru3+ separately. I
> am stuck in this file.

stuck where? how? why? at what error?

axel.

> -------------------------------------------------------------------------
>
>  &FORCE_EVAL
>   METHOD QS
>   &DFT
>      LSD
>      CHARGE +2
>      BASIS_SET_FILE_NAME ~/bin/GTH_BASIS1
>      POTENTIAL_FILE_NAME ~/bin/GTH_POTENTIALS
>     &SCF
>       SCF_GUESS ATOMIC
>     &END SCF
>     &XC
>      &XC_FUNCTIONAL
>        &LYP
>        &END
>        &BECKE88
>        &END
>      &END XC_FUNCTIONAL
>     &END XC
>   &END DFT
>   &SUBSYS
>    &CELL
>     ABC 9.860 9.860 9.860
>     UNIT ANGSTROM
>    &END CELL
>    &TOPOLOGY
>     CONNECTIVITY GENERATE
>     &GENERATE
>         CREATE_MOLECULES
>     &END GENERATE
>     COORD_FILE_FORMAT OFF
>    &END TOPOLOGY
>    &COORD
>   Fe       -2.8799089789        4.4833993160       -0.9253798435
>   O        -4.5590653502        4.9284583342       -0.0621601829
>   H        -4.9705923716        4.3640441785        0.6893891668
>   H        -5.3164182399        5.5362415756       -0.2538566219
>   O        -6.3299935050        4.6501002553       -3.2165611248
>   H        -6.2549146971        3.6508586162       -3.3792673655
>   H        -6.9156034477        4.8348081172       -3.9501089172
>   O        -2.2309178755        1.9923408769        2.7645911766
>   H        -2.1565313777        1.2884476066        3.3749391873
>   H        -2.9197925757        2.4899670577        3.2035338211
>   O        -6.0770832172       -2.7231315785       -9.5448709624
>   H        -6.6824231738       -1.9822385218       -9.4211280474
>   H        -5.9382474726       -3.0338301873       -8.6189155739
>   O        -1.5590539933        8.4581237145        2.8351416768
>   H        -0.7014554610        8.2291741700        2.4524975037
>   H        -2.0130061115        8.5474909348        1.9935461408
>   O         9.2452622342       -5.2016109500        5.4580407027
>   H         9.0803631056       -5.7141148150        4.6416799086
>   H         9.9239068093       -4.6374143187        5.0948223542
>   O        -2.2747965553       -3.6412773460       -0.5034106904
>   H        -1.3309475835       -3.3368322136       -0.4927701592
>   H        -2.6785712553       -2.7337453156       -0.3003969352
>   O        -5.0150050737       -6.7585442027        1.9265699321
>   H        -5.1775069842       -7.7010260951        1.7351149107
>   H        -5.8697740333       -6.3925551219        2.1581907946
>   O         0.8447530721        6.9676594900       11.9177287714
>   H         1.7073334916        7.3677191845       11.6947056467
>   H         0.6518913920        6.5141851347       11.1177738640
>   O         6.0591575870        2.6714044751       -1.4726489030
>   H         5.3474665764        2.0757487291       -1.1127385014
>   H         6.4466468961        2.0834641415       -2.1735884409
>   O         3.4899901096       -1.6971208479       -4.9827700523
>   H         3.7505437278       -2.0037236132       -5.8540717308
>   H         4.1006777437       -2.1268748806       -4.4328135502
>   O        -1.9498492896        3.8218715791        0.7845270001
>   H        -1.5328361779        4.4385739266        1.4442998839
>   H        -2.0488871006        2.9605980239        1.2847914463
>   O         0.9321859840       -7.8126933636       -7.4250105857
>   H         0.0329414295       -8.0583782013       -7.5266562638
>   H         1.1486171832       -8.1200037817       -6.5120872061
>   O        -1.2177439540        3.9800638489       -1.8131933683
>   H        -0.6840991767        3.1313826129       -1.5906664292
>   H        -0.9145330384        4.0982865398       -2.7613003118
>   O        -3.3284227931       -1.8974729757        7.2635935278
>   H        -2.4263964010       -1.6247806670        6.8788457601
>   H        -3.8045549804       -1.0362892279        7.1060434158
>   O         3.1479370099       -0.6458937922       -2.5276483725
>   H         3.3884480789       -0.8514820589       -3.4557508136
>   H         3.6344722272       -1.3774434262       -2.0751013265
>   O         7.1879953337       -8.9239121082      -13.3442298597
>   H         6.8446671365       -8.5711562075      -14.1613048318
>   H         7.7254300021       -9.6624243506      -13.7044807394
>   O        -8.6023482493       -3.3193550929       -5.1537580676
>   H        -8.7819195227       -3.1689491809       -6.1212676794
>   H        -7.8410327266       -2.7039484048       -4.9109258801
>   O        -1.6312805667        5.5167292375       -6.9923342866
>   H        -0.8056792472        5.7540718563       -6.5608867815
>   H        -2.1505132312        6.3409324352       -7.1702717642
>   O        -1.1599325173       -1.2492174249        5.5835548423
>   H        -0.5586672445       -2.0053137874        5.5852786019
>   H        -1.2162000273       -1.1965002980        4.5769153998
>   O         0.4507584677        1.9022651399        8.0400381780
>   H         0.3803588966        1.5946413528        7.1350748078
>   H         0.7456410323        1.1634439653        8.5439230412
>   O         2.3267512174       -0.6727042425        1.1854652355
>   H         2.5458646034        0.0652573671        1.7955595250
>   H         1.4034743190       -0.7956305233        1.3884420398
>   O         6.5672661690       -1.0984518909        0.4890215160
>   H         6.6148451731       -0.1508625403        0.5933987343
>   H         5.6183713508       -1.1822689592        0.6206551821
>   O        13.8241697211        1.1652120167       -0.1672218219
>   H        13.2121429387        1.9116181141       -0.2940170580
>   H        13.1950907565        0.4365600472       -0.0399679561
>   O        -7.4988319221       -5.5555520991        1.8185232839
>   H        -7.3837127821       -5.7699475363        0.8563643360
>   H        -8.1964989733       -6.1053099532        2.1088034849
>   O         3.2659641904        1.9791770773        6.1150563807
>   H         3.4940757601        1.1736027719        6.5963750850
>   H         2.3515019134        1.7588235846        5.7327525956
>   O        10.6859668444        0.9023905651        5.3551106427
>   H         9.8594127269        0.4030003706        5.2356781202
>   H        11.1491058894        0.1555256165        5.7681348240
>   O         0.3760363101       -3.1586261422       -0.8543017938
>   H         0.5403724685       -2.2421497891       -0.9851024800
>   H         1.2122330106       -3.5814031598       -1.0268333285
>   O         5.5807230240       -7.1801081002       -5.1191205524
>   H         5.3360212979       -6.4482539508       -5.7290439438
>   H         4.6785146465       -7.5446958824       -4.8933286755
>   O         2.6572577924        3.6535389336       -0.8327578995
>   H         2.9537750589        4.1567130338       -1.6386441686
>   H         1.8520090260        3.2252090800       -1.1268435488
>   O        -5.8148422292       -3.3672919847        2.9400281976
>   H        -6.4576770992       -4.0665517099        3.0231423099
>   H        -5.0407848682       -3.8319856458        3.2242012598
>   O         6.1901471261        5.2539472758       -2.5686945148
>   H         5.3182543979        5.0205417149       -2.9790688482
>   H         6.2705281827        6.1021482659       -3.1176707935
>     &END COORD
>      &KIND RU
>       BASIS_SET DZV-GTH
>       POTENTIAL GTH-PADE-q8
>     &END KIND
>     &KIND H
>       BASIS_SET DZV-GTH
>       POTENTIAL GTH-BP-q1
>      &END KIND
>     &KIND O
>       BASIS_SET DZVP-GTH
>       POTENTIAL GTH-BP-q6
>     &END KIND
>   &END SUBSYS
>  &END FORCE_EVAL
>  &GLOBAL
>   PREFERRED_FFT_LIBRARY FFTSG
>   EXTENDED_FFT_LENGTHS T
>   PROJECT test
>   RUN_TYPE GEO_OPT
>  &END GLOBAL
>  &MOTION
>   &MD
>    ENSEMBLE NVT
>    STEPS 10000
>    TIMESTEP 1.0
>    TEMPERATURE 300.0
>   &THERMOSTAT
>    REGION GLOBAL
>   &NOSE
>    LENGTH 3
>    YOSHIDA 3
>    TIMECON 1000
>    MTS 2
>   &END NOSE
>   &END
>   &PRINT
>   &ENERGY
>    &EACH
>     MD 10
>    &END EACH
>   &END ENERGY
>    &END PRINT
>    &END MD
>    &PRINT
>    &TRAJECTORY
>    &EACH
>     MD 10
>    &END EACH
>    &END TRAJECTORY
>    &END PRINT
> &END MOTION
>
> -------------------------------------
>
>  Thanks in advance
> John


More information about the CP2K-user mailing list