Hallo Shravni, <div><br /></div><div>No it is not standard to remove the metal. Most probably the tutorial you are referring to has been constructed this way to limit the computational time.</div><div>Kind regards</div><div>Marcella<br /><br /></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, April 2, 2026 at 9:13:19 AM UTC+2 r.shra...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><p dir="ltr">Dear CP2K users,</p><p dir="ltr">​I am a beginner with CP2K and am currently working on STM simulations. I've been following the tutorial for simulating STM images of a graphene nanoribbon adsorbed on a metallic substrate, but I’m a bit confused by one step—it shows the metal substrate being removed from the system before the final calculation.</p><p dir="ltr">​Is it standard practice to run the simulation on the molecule alone? Wouldn't excluding the substrate significantly change the electronic structure and the resulting images? I’m wondering if I can get reliable results by simulating the molecule in isolation, or if I should keep the metal atoms in the cell.</p><p dir="ltr">​I would really appreciate any clarification or advice on this.</p><p dir="ltr">​Best regards,</p><p dir="ltr">




</p><p dir="ltr">​Shravni</p></div><div><br></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/af69a454-0324-4adc-a1d4-46567f147882n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/af69a454-0324-4adc-a1d4-46567f147882n%40googlegroups.com</a>.<br />