Hi CP2K users,<div><br /></div><div>I am attempting to move a system from LAMMPS to CP2K so that I can perform QM/MM calculations. Before I implement the QM portion I wanted to first make sure that the MM energies match when I make the switch. I noticed that the Improper energy is significantly different between the two. </div><div><br /></div><div>LAMMPS is explicit that the first atom listed in the improper is the central atom. The CP2K documentation does not specify which atom is the central atom. Also, what is the difference between an improper torsion and an out-of-plane bend in CP2K? They have the same functional forms, and both use the angle between two planes, but they require atom kinds listed in different orders and sometimes compute different values.</div><div><br /></div><div>My workflow is as follows:</div><div>1. Use VMD to get pdb and psf files from LAMMPS data files</div><div>2. Python script to modify pdb and psf files to change atom kinds and residue names (I don't change any of the improper information generated by VMD)</div><div>3. Run CP2K with pdb and psf files</div><div><br /></div><div>Below are comparisons between the two software for a single molecule extracted from my larger system.</div><div><br /></div><div>LAMMPS:</div><div>E_bond = 11.851723</div><div>E_angle = 23.60059</div><div>E_dihed = 11.19677</div><div>E_impro = 122.73291</div><div><br /></div><div>CP2K:</div><div>E_bond = 11.8517</div><div>E_angle = 23.6006</div><div>E_torsion = 11.1968</div><div>E_imptors = 134.0361</div><div>E_opbend = 126.9725</div><div><br /></div><div>Attached is a zip file containing my LAMMPS data, input, and output files as well as my CP2K pdb, psf, input, and output files. All files are for a single molecule extracted from a larger system that I have.</div><div><br /></div><div>Thank you,</div><div>Trevor</div><div><br /></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/e2eb8af3-83ba-4cd7-b267-3068cef1285bn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/e2eb8af3-83ba-4cd7-b267-3068cef1285bn%40googlegroups.com</a>.<br />