Hi all, <div>           Before going on the details of the installation, i had a problem with using DFTD4 on HPC slurm cluster.</div><div> </div><div><img alt="D4_input.png" width="308px" height="222.64px" src="cid:7723aecc-ad43-4831-b0ae-17186056a4e4" /></div><div>I get a bunch of <br />





<p>#0  0x14c26f63fc2f in ???</p>
<p>#1  0x0 in ???<br /><br />and</p><p>Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.</p><p><br /></p><p>Backtrace for this error:</p><p>==== backtrace (tid: 155441) ====</p><p> 0 0x000000000003fc30 __GI___sigaction()  :0</p><p>




</p><p>=================================<br /><br />and <br />





</p><p>Caught signal 11 (Segmentation fault: address not mapped to object at address (nil))<br /><br />I commented out the VDW potential and it worked fine. No issues in my slurm.</p><p>so i tried:</p><p><img alt="DFTD4_work.png" width="264px" height="206.201px" src="cid:4e3c0692-da66-4bd3-98ca-00b8545ad4ca" /></p><p>This worked completely fine as well. Pretty fast as well.</p><p>I wonder if my DFTD4 build is the problem? or the openMPI incompatibility with DFTD4?</p><p>-----</p><p>Details of installation </p><p>Cluster available modules </p><p>module load gcc/11.3.0<br />module load openmpi/4.1.4-gcc-11.3.0<br />module load openblas/0.3.20-gcc-11.3.0<br />module load flexiblas/3.2.0-gcc-11.3.0<br />module load fftw/3.3.10-gcc-11.3.0<br />module load scalapack/2.2.0-gompi-2022a-fb<br />module load cmake/3.24.3-gcccore-11.3.0<br />module load ninja/1.10.2-gcccore-11.3.0<br />module load libxsmm/1.17-gcc-11.3.0<br />module load libint/2.7.2-gcc-11.3.0-lmax-6-cp2k<br />module load libvori/220621-gcccore-11.3.0</p><p>full details of rest below. As an aside, i tested some inp files and the single point energies were fine. ran the regtest.py and tests in bin and they did not point any issues.</p><p>dbcsr, dftd4, tblite,libxc,cp2k </p><p>git clone --recursive https://github.com/cp2k/dbcsr.git<br /><br />cmake -S dbcsr -B dbcsr/build -GNinja \<br />  -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \<br />  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="$CP2K_PREFIX/deps/dbcsr" \<br />  -DUSE_MPI=ON \<br />  -DUSE_OPENMP=ON \<br />  -DUSE_SMM=blas \<br />  -DBUILD_TESTING=OFF<br /><br />cmake --build dbcsr/build -j 16<br />cmake --install dbcsr/build</p><p>git clone --branch v3.7.0 https://github.com/dftd4/dftd4.git dftd4<br /><br />export CC=gcc<br />export FC=gfortran<br />cmake -S "$BUILDROOT/dftd4" -B "$BUILDROOT/dftd4/build" -GNinja \<br />  -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \<br />  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="$CP2K_PREFIX/deps/dftd4" \<br />  -DBLA_VENDOR=OpenBLAS \<br />  -DBLAS_LIBRARIES=/sw/auto/rocky9a/epyc3/software/OpenBLAS/0.3.20-GCC-11.3.0/lib/libopenblas.so \<br />  -DLAPACK_LIBRARIES=/sw/auto/rocky9a/epyc3/software/OpenBLAS/0.3.20-GCC-11.3.0/lib/libopenblas.so<br /><br />cmake --build "$BUILDROOT/dftd4/build" -j 16<br />cmake --install "$BUILDROOT/dftd4/build"</p><p>git clone --branch v0.5.0 https://github.com/tblite/tblite.git</p><p>export CC=gcc<br />export FC=gfortran<br />cmake -S "$BUILDROOT/tblite" -B "$BUILDROOT/tblite/build" -GNinja \<br />  -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \<br />  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="$CP2K_PREFIX/deps/tblite" \<br />  -DBLA_VENDOR=OpenBLAS \<br />  -DBLAS_LIBRARIES=/sw/auto/rocky9a/epyc3/software/OpenBLAS/0.3.20-GCC-11.3.0/lib/libopenblas.so \<br />  -DLAPACK_LIBRARIES=/sw/auto/rocky9a/epyc3/software/OpenBLAS/0.3.20-GCC-11.3.0/lib/libopenblas.so<br /><br />cmake --build "$BUILDROOT/tblite/build" -j 16<br />cmake --install "$BUILDROOT/tblite/build"</p><p><br /></p><p>git clone --branch 7.0.0 https://gitlab.com/libxc/libxc.git libxc-7.0.0<br /><br />cd "$BUILDROOT"<br />export CC=gcc<br />export FC=gfortran<br />cmake -S "$BUILDROOT/libxc-7.0.0" -B "$BUILDROOT/libxc-7.0.0/build" -GNinja \<br />  -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \<br />  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="$CP2K_PREFIX/deps/libxc" \<br />  -DBUILD_SHARED_LIBS=ON \<br />  -DENABLE_FORTRAN=ON<br /><br />cmake --build "$BUILDROOT/libxc-7.0.0/build" -j 16<br />cmake --install "$BUILDROOT/libxc-7.0.0/build"<br /></p><p>git clone --branch v2026.1 https://github.com/cp2k/cp2k.git<br /><br />export CC=mpicc<br />export CXX=mpicxx<br />export FC=mpifort<br /><br />export PKG_CONFIG_ALLOW_SYSTEM_CFLAGS=1<br />export PKG_CONFIG_ALLOW_SYSTEM_LIBS=1<br /><br />export PKG_CONFIG_PATH="$HOME/pkgconfig-fixes:$EBROOTLIBXSMM/lib:$CP2K_PREFIX/deps/libxc/lib/pkgconfig:$CP2K_PREFIX/deps/libxc/lib64/pkgconfig:$CP2K_PREFIX/deps/dftd4/lib/pkgconfig:$CP2K_PREFIX/deps/dftd4/lib64/pkgconfig:$CP2K_PREFIX/deps/tblite/lib/pkgconfig:$CP2K_PREFIX/deps/tblite/lib64/pkgconfig"<br /><br /><br />cmake -S "$BUILDROOT/cp2k" -B "$BUILDROOT/cp2k/build" -GNinja \<br />  -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \<br />  -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF \<br />  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="$CP2K_PREFIX" \<br />  -DCMAKE_INSTALL_RPATH="$CP2K_PREFIX/deps/libxc/lib64;/sw/auto/rocky9a/epyc3/software/Libint/2.7.2-GCC-11.3.0-lmax-6-cp2k/lib;/sw/auto/rocky9a/epyc3/software/libxsmm/1.17-GCC-11.3.0/lib" \<br />  -DCMAKE_PREFIX_PATH="$CP2K_PREFIX/deps/dbcsr;$CP2K_PREFIX/deps/dftd4;$CP2K_PREFIX/deps/tblite;$CP2K_PREFIX/deps/libxc;$EBROOTLIBVORI;$EBROOTLIBINT" \<br />  -DCMAKE_MODULE_PATH="$CP2K_PREFIX/deps/dftd4/lib64/cmake/multicharge;$CP2K_PREFIX/deps/dftd4/lib64/cmake/dftd4" \<br />  -Dtblite_DIR="$CP2K_PREFIX/deps/tblite/lib64/cmake/tblite" \<br />  -Dtoml-f_DIR="$CP2K_PREFIX/deps/tblite/lib64/cmake/toml-f" \<br />  -DBLA_VENDOR=OpenBLAS \<br />  -DBLAS_LIBRARIES=/sw/auto/rocky9a/epyc3/software/OpenBLAS/0.3.20-GCC-11.3.0/lib/libopenblas.so \<br />  -DLAPACK_LIBRARIES=/sw/auto/rocky9a/epyc3/software/OpenBLAS/0.3.20-GCC-11.3.0/lib/libopenblas.so \<br />  -DCP2K_USE_MPI=ON \<br />  -DCP2K_USE_LIBXC=ON \<br />  -DCP2K_USE_DFTD4=ON \<br />  -DCP2K_USE_FFTW3=ON \<br />  -DCP2K_ENABLE_FFTW3_OPENMP_SUPPORT=ON \<br />  -DCP2K_USE_LIBXSMM=ON \<br />  -DCP2K_USE_VORI=ON \<br />  -DCP2K_USE_TBLITE=ON \<br />  -DCP2K_USE_LIBINT2=ON \<br />  -DCP2K_USE_SIRIUS=OFF \<br />  -DCP2K_USE_SPGLIB=OFF \<br />  -DCP2K_USE_ELPA=OFF \<br />  -DCP2K_USE_COSMA=OFF \<br />  -DCP2K_USE_SPLA_GEMM_OFFLOADING=OFF</p><p><br /></p></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/0a2203be-9e8a-4e34-aa9e-5d44f46fc908n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/0a2203be-9e8a-4e34-aa9e-5d44f46fc908n%40googlegroups.com</a>.<br />