<p>Hello CP2K developers and users,</p><p>I am running a constrained MD simulation in CP2K and trying to keep the O–H coordination number (CN) of hydroxyl groups constrained during the trajectory. However, the constraint does not seem to hold as expected.</p><p>My setup is:</p><p>&COLVAR<br />&COORDINATION<br />KINDS_FROM  Oh<br />KINDS_TO    H<br />R_0 [angstrom] 1.25<br />NN  8<br />ND  16<br />&END COORDINATION<br />&END COLVAR</p><p>&CONSTRAINT<br />&COLLECTIVE<br />COLVAR 1<br />INTERMOLECULAR<br />TARGET 0.88<br />&END COLLECTIVE<br />&LAGRANGE_MULTIPLIERS<br />COMMON_ITERATION_LEVELS 1<br />&END<br />&END CONSTRAINT</p><p>My intention is to constrain the O–H CN so that each hydroxyl oxygen keeps its single bonded H during the MD run.</p><p>However, after about 15 ps of simulation, I found from the trajectory analysis that the CN is not actually maintained. Around ~8 ps, some O atoms in OH groups lose their only H, so their O–H CN effectively becomes 0.</p><p>To diagnose this, I checked:</p><ul><li><p>the O–H distances in the OH groups</p></li><li><p>the number of H atoms around each hydroxyl O as a function of time</p></li></ul><p>Both analyses suggest that some hydroxyl O atoms indeed lose their bonded H during the simulation, even though the collective variable is supposed to be constrained.</p><p>My questions are:</p><ol start="1"><li><p>Is this the correct way to constrain an intramolecular O–H coordination number in CP2K?</p></li><li><p>Could the use of <span dir="ltr">INTERMOLECULAR</span> here be incorrect for this purpose?</p></li><li><p>

What should I do to correctly constrain the O–H coordination number to 1?

</p></li></ol><p>

I will attach the figures and the input file showing:

</p><ul><li><p>O–H bond distances vs time</p></li><li><p>the number of H atoms around each hydroxyl O vs time</p></li></ul><p>Any suggestions would be greatly appreciated. Thank you very much for your help.</p><p>Best regards</p><p><img alt="OH_distances_vs_time.png" width="535px" height="321px" src="cid:e65a41ac-5290-462b-bda0-40b5738c555c" /><br /></p><p><img alt="O_H_count_vs_time.png" width="535px" height="321px" src="cid:fd3f76a0-9029-44b5-b083-3b64406dbbc5" /><br /></p>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/ee58476f-e99b-409a-a741-82a0ab5a366bn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/ee58476f-e99b-409a-a741-82a0ab5a366bn%40googlegroups.com</a>.<br />