<span style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small;">Dear cp2k users,</span><div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small;">I am running an NVT simulation for a biological system (~3500 atoms) at the BLYP-D3 level of theory using a Nosé–Hoover thermostat. The relevant section of my MD input is:</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small;">"</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small;">  &MD<br />    ENSEMBLE NVT<br />    STEPS 20000<br />    TIMESTEP 0.5<br />    TEMPERATURE 300.0<br />    COMVEL_TOL 1.0E-8<br />    &THERMOSTAT<br />      TYPE NOSE<br />      REGION MASSIVE<br />      &NOSE<br />      &END NOSE<br />    &END THERMOSTAT<br />  &END MD<br /></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small;">"</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small;"><p>During the simulation, I observed that the instantaneous temperature oscillates between ~280 K and ~330 K (see attached figure). Could someone please clarify whether this behavior indicates that the system has not yet reached equilibrium, or if it is primarily related to the thermostat settings?</p><p>Any guidance or suggestions would be greatly appreciated.</p><p>Thank you for your time and consideration.</p><p>Best regards,</p><p>Subho</p></div></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/392e8692-b8b9-4420-a9b5-cfefd3d664f3n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/392e8692-b8b9-4420-a9b5-cfefd3d664f3n%40googlegroups.com</a>.<br />