<p>Hi all,</p>
<p>I'm currently analyzing data from my <em>ab initio</em> well-tempered metadynamics simulations, where I deposit hills every 50 steps (<span>NT_HILLS</span>), using a time step of 0.5 fs.</p>
<p>I have a couple of questions regarding the free energy surface (FES) calculation using the <span>graph.psmp</span> tool in CP2K:</p><p><strong>1. Step Range for FES Calculation:</strong><br />
Is it possible to specify a range of step numbers (e.g., from a particular step to another) when calculating the FES using <span>graph.psmp</span>?</p><p><strong>2. Effect of Changes in Atom in CVs:</strong><br />
One of the atoms used in my collective variables (CVs) changes during the simulation. Specifically, atom 322 — a proton from a water molecule — is exchanged with another proton over time. Will this affect the resulting <span>fes.dat</span> file?<br /><br />&colvar # 1<br />&coordination<br />atoms_from 3 <br />atoms_to 18  <br />r0 [angstrom] 2.0 <br />nn 6<br />nd 12<br />&end coordination <br />&end colvar<br /><br />&colvar # 2<br />&coordination<br />atoms_from 18 <br />atoms_to 322  ## This atom is a proton from water which is exchanged with another proton  <br />r0 [angstrom] 1.5 <br />nn 6<br />nd 12<br />&end coordination <br />&end colvar<br /><br />&colvar # 3<br />&coordination<br />atoms_from 3 <br />atoms_to 2   <br />r0 [angstrom] 2.0<br />nn 6<br />nd 12<br />&end coordination<br />&end colvar<br /></p><p><br /><b>3. If colvar3 does change so much can i plot the fes as <br /><br /></b>graph.psmp -cp2k -file $Restart_file -ndim 3 -ndw 1  2 -out $FES<br /><br />Any advice or suggestions would be greatly appreciated.<br />
Thank you!<br /><br />Mawuli</p><br /><br /><br />

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/0f140d04-b86d-4237-87df-32194be8d644n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/0f140d04-b86d-4237-87df-32194be8d644n%40googlegroups.com</a>.<br />