<div dir="ltr"><div dir="ltr"> Has anyone noticed this?</div></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jun 18, 2025 at 3:53 PM ice ZQing <<a href="mailto:zqlearn123@gmail.com">zqlearn123@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">  Hi everyone,<br>
I'm currently learning to perform molecular simulations with CP2K, and I’ve been following the official Alchemical Change (AC) tutorial, located at:  <div>  cp2k/tests/FE/regtest-1/  or <a href="https://github.com/cp2k/cp2k/tree/master/tests/FE/regtest-1" target="_blank">cp2k/tests/FE/regtest-1 at master · cp2k/cp2k</a>  </div><div>Using <strong>CP2K version 2022.2</strong></div><div>  The tutorial simulates an alchemical transformation between two molecular fragments in water, where the main difference is the presence or absence of a <b>hydrogen atom</b>, likely in an alanine residue (ACE–ALA–NME) solvated by water. I try this simulation using the GENMIX method and runs a trajectory of <strong>20,000 steps at λ = 0.5</strong> with classical force fields (FIST).  <strong></strong></div><div>  I have a few questions regarding the output and how to process the results:</div><div>What does these Output files mean and which are important for free energy analysis? After the run, I get the following files:</div><div>Solv_alch_chng-1.ener<br>Solv_alch_chng-1.restart<br>Solv_alch_chng-mix-1.ener<br>Solv_alch_chng-pos-1.pdb<br>Solv_alch_chng-r-1.out<br>Solv_alch_chng-r-2.out</div><div>   

I assume:</div><div>*.ener contains energy data,<br>*.pdb is trajectory,<br>*.restart is for restarting.</div><div>But I’m not sure what the<strong> -r-1.out, -r-2.out, and -mix-1.ener files</strong> are for, or what physical quantities they contain. Also, the .ener files contain only a few columns of data, with no clear labels, so I’m not sure how to interpret them.</div><div>Which of these output files are necessary for post-processing the free energy difference? And what is the best way to extract or average relevant observables like free energy gradients?</div><div> I’m happy to share my input files if needed.  </div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br>
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/c2c8824d-ce60-4fa6-9a64-bab237f3af4cn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer" target="_blank">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/c2c8824d-ce60-4fa6-9a64-bab237f3af4cn%40googlegroups.com</a>.<br>
</blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/CA%2BwCwGnf7zoKF6RMor4m_Era8JguhdCjxpq7q%2Bh33YTOs8eYBg%40mail.gmail.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/CA%2BwCwGnf7zoKF6RMor4m_Era8JguhdCjxpq7q%2Bh33YTOs8eYBg%40mail.gmail.com</a>.<br />