<br /><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);">Hi Ben, </div><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><br /></div><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);">No the LINK methods are restricted to the QM-MM interface.</div><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);">For an example of use of the VIRTUAL_SITE you can look in the tests </div><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><p style="margin: 0px; font-width: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal;"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">tests/Fist/regtest-5/water_tip4p.inp</span></p><p style="margin: 0px; font-width: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal;"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">It seems to be specific for FF.</span></p><p style="margin: 0px; font-width: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal;"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"><br /></span></p><p style="margin: 0px; font-width: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal;"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"><br /></span></p><p style="margin: 0px; font-width: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal;"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Regards</span></p><p style="margin: 0px; font-width: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal;"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">Marcella</span></p><p style="margin: 0px; font-width: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal;"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"><br /></span></p><p style="margin: 0px; font-width: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal;"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;"><br /></span></p></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, June 12, 2025 at 4:35:18 PM UTC+2 bensi...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear Marcella,<br><br>Thank you for your helpful response. I apologize for not being clearer about my specific situation.<br><br>The unstable oxygen atoms I'm dealing with are not actually at the QM/MM boundary - they are fully within the QM region. For example, I have oxygen atoms that are already defined as QM atoms, and all atoms connected to them are also treated with QM. Since these oxygens are not connected to any MM atoms, I don't believe I can use the LINK approach as there is no QM-MM bond to cap.<br><br>My understanding is that the LINK section in CP2K is specifically designed to handle bonds that cross the QM/MM boundary, where one atom is in the QM region and the connected atom is in the MM region. Please correct me if this understanding is incorrect.<br><br>What I'm looking for is a way to add capping hydrogens to unstable oxygens that are completely within the QM region - essentially adding hydrogens that don't exist in my original structure. Would the LINK approach still work for this scenario, or is there another approach in CP2K more suitable for adding atoms to the QM region during a simulation?<br><br>Thank you again for your assistance.<br><br>Best regards,<br>Ben<br><br><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">Marcella Iannuzzi 在 2025年6月12日 星期四下午6:50:09 [UTC+8] 的信中寫道：<br></div></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello Ben, <div><br></div><div><font face="Times New Roman" size="3">CP2K implements three methods to link the QM and MM parts. See the LINK section.</font></div><div><font face="Times New Roman" size="3">You can find some examples among the regtests, for instance </font></div><div><p style="margin:0px;line-height:normal;font-size-adjust:none;font-kerning:auto;font-variant-alternates:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-feature-settings:normal;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><font face="Times New Roman" size="3">QS/regtest-3/C4H10-qmmm-gauss-7.inp</font></span></p><p style="margin:0px;line-height:normal;font-size-adjust:none;font-kerning:auto;font-variant-alternates:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-feature-settings:normal"><font face="Times New Roman" size="3" color="#000000"><span style="background-color:rgb(252,252,252)">The element used to cap the bond can be changed by setting QM_KIND; the default option is hydrogen H.</span><br></font></p><p style="margin:0px;line-height:normal;font-size-adjust:none;font-kerning:auto;font-variant-alternates:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-feature-settings:normal;color:rgb(0,0,0)"><span style="color:rgb(64,64,64);background-color:rgb(252,252,252)"><font face="Times New Roman" size="3"><br></font></span></p><p style="margin:0px;line-height:normal;font-size-adjust:none;font-kerning:auto;font-variant-alternates:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-feature-settings:normal"><font face="Times New Roman" size="3" color="#000000"><span style="background-color:rgb(252,252,252)">Regards</span></font></p><p style="margin:0px;line-height:normal;font-size-adjust:none;font-kerning:auto;font-variant-alternates:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-feature-settings:normal"><font face="Times New Roman" size="3" color="#000000"><span style="background-color:rgb(252,252,252)">Marcella</span></font></p></div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, June 12, 2025 at 10:06:40 AM UTC+2 <a rel="nofollow">bensi...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><p style="color:rgb(0,0,0)">Dear CP2K Community,</p><p style="color:rgb(0,0,0)">I'm running QM/MM simulations where several oxygen atoms (some inside and some outside of my QM region) are exhibiting instability. I'd like to stabilize these oxygens by adding capping hydrogens "on the fly" without modifying my original structure files. </p><p style="color:rgb(0,0,0)">Based on my reading of the documentation, the VIRTUAL_SITE functionality might be applicable, but I'm uncertain about the correct implementation. My specific questions are:</p><ol style="color:rgb(0,0,0)"><li><p>Is it possible to use VIRTUAL_SITE to add capping hydrogens to stabilize dangling oxygens in the QM region?</p></li><li><p>If so, what is the correct syntax? I've attempted to understand the documentation but remain unclear on:</p><ul><li>How to properly define the position of the virtual hydrogen relative to the oxygen</li><li>How to include this virtual site in the QM region</li><li>How to set appropriate restraints to maintain proper O-H geometry</li><li>Whether to not I have to modify the Coordinate and forcefields</li></ul></li><li><p>Alternatively, is there a better approach in CP2K for addressing unstable oxygens during a QM/MM simulation?</p></li></ol><p style="color:rgb(0,0,0)">For context, I'm using CP2K version 7.1 with a QMMM setup where the QM region is treated with DFTB3 and the MM region with AMBER force fields.</p><p style="color:rgb(0,0,0)">Any guidance or examples would be greatly appreciated.</p><p style="color:rgb(0,0,0)">Thank you,<br>Ben</p></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/12502f34-a379-43da-85b2-edbc6e18c573n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/12502f34-a379-43da-85b2-edbc6e18c573n%40googlegroups.com</a>.<br />