Hi Michela<div><br /></div><div>Are you sure that the initial coordinates in MeCN.xyz are OK? They look weird. How did you get them. </div><div>To equilibrate the density of the liquid one should consider a bulk system.</div><div>The initial pressure is very suspicious, indeed the temperature increases enormously. </div><div>My first guess is that the initial coordinates are problematic.</div><div>The DFT settings are also not particularly good, but the main problem is the structure.</div><div>I would advise to first get a reasonable model of the bulk liquid and then extract from it the slab model you need. </div><div>Probably it would help to first equilibrate with force fields a large acetonitrile box and only later run AIMD starting from the pre-equilibrated structure.</div><div><br /></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br /><br /></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, April 23, 2025 at 8:43:59 PM UTC+2 bnzmi...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div>Hello everyone,</div><div><br></div><div>I am running NPT MD on a system of 25 acetonitrile molecules at 310 K and cannot get it to converge.</div><div><br></div><div><u>The purpose</u>: to have an equilibrate system of acetonitrile that I can later add to a previously equilibrated slab of liquid Ga + vacuum. The acetonitrile would replace the vacuum space (10.8x10.8x21 A^3), and I would run MD again on the new integrated unit cell.</div><div><br></div><div><u>Some methods</u>:<br><ol><li><u>Unit cell:</u> used the density of acetonitrile at 298.15 K. Boiling point is 355.1 K, so I assumed the density difference would be negligible.</li><li><u>Periodicity:</u> XY to mirror the slab I will be using later (metal layer + vacuum on top).<br>> Perhaps I don't need to use the same periodicity?</li><li>Used PBE, but did not account for Grimme D3 dispersion.<br>> Because it is a polar molecule, I probably need to add for DFTD3. <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167732221031482#s0010" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167732221031482%23s0010&source=gmail&ust=1745589636306000&usg=AOvVaw0t_h2xmOWhjI4MnBR8WmFQ">This paper</a> mentions Coulomb F + Lennard Jones F having an effect on the potential.</li></ol><div>I am rerunning it right now after adding DFTD3 and XYZ periodicity, but would still appreciate any advice. Sometimes I feel like I can "get away" with simplifying my system, and it only comes back to bite me later.</div><div><br></div><div>Thank you kindly for your help,</div><div><br></div><div>Michela</div></div><div><br></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/0592be71-6a95-4d4e-aa13-e4c6e01db755n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/0592be71-6a95-4d4e-aa13-e4c6e01db755n%40googlegroups.com</a>.<br />