<div>Dear all, <br /></div><div>I'm trying to do metadynamics simulation in a system, where I need to restrain multiple H-bonds. I came across the  constraining colvar subsection. <br /></div><div>My input file looks like follows:</div><div><br />&COLVAR 1<br />       &DISTANCE<br />          ATOMS 2 60<br />       &END DISTANCE<br /> &END COLVAR<br />&COLVAR 2<br />       &COORDINATION<br />          ATOMS_FROM 2<br />          ATOMS_TO  70 68<br />          R_0    0.8<br />          NN 6<br />          ND 12<br />       &END COORDINATION<br /> &END COLVAR<br />&COLVAR 3<br />       &COORDINATION<br />          ATOMS_FROM 61<br />          ATOMS_TO  8<br />          R_0    0.8<br />          NN 6<br />          ND 12<br />       &END COORDINATION<br /> &END COLVAR<br /><br />&COLVAR 4<br />       &COORDINATION<br />          ATOMS_FROM 58<br />          ATOMS_TO  3<br />          R_0    0.8<br />          NN 6<br />          ND 12<br />       &END COORDINATION<br /> &END COLVAR<br />&COLVAR 5<br />       &COORDINATION<br />          ATOMS_FROM 59<br />          ATOMS_TO  4<br />          R_0    0.8<br />          NN 6<br />          ND 12<br />       &END COORDINATION<br /> &END COLVAR<br /><br />&COLVAR 6<br />       &COORDINATION<br />          ATOMS_FROM 1<br />          ATOMS_TO 66<br />          R_0    0.8<br />          NN 6<br />          ND 12<br />       &END COORDINATION<br /> &END COLVAR<br />&COLVAR 7<br />     &ANGLE<br />       ATOMS 2 60 1<br />     &END ANGLE<br />&END COLVAR</div><div>&CONSTRAINT<br />    &COLLECTIVE<br />       COLVAR  2<br />       TARGET 0.8<br />       INTERMOLECULAR T<br />       &RESTRAINT<br />         K 10<br />       &END RESTRAINT<br />    &END COLLECTIVE<br />    &COLLECTIVE<br />       COLVAR  3<br />       TARGET 0.8<br />       INTERMOLECULAR T<br />       &RESTRAINT<br />         K 10<br />       &END RESTRAINT<br />    &END COLLECTIVE<br />    &COLLECTIVE<br />       COLVAR  4<br />       TARGET 0.8<br />       INTERMOLECULAR T<br />       &RESTRAINT<br />        K 10<br />       &END RESTRAINT<br />    &END COLLECTIVE<br />    &COLLECTIVE<br />       COLVAR  5<br />       TARGET 0.8<br />       INTERMOLECULAR T<br />      &RESTRAINT<br />        K 10<br />      &END RESTRAINT<br />    &END COLLECTIVE<br />     &COLLECTIVE<br />       COLVAR  6<br />       TARGET 0.8<br />       INTERMOLECULAR T<br />       &RESTRAINT<br />        K 10<br />       &END RESTRAINT<br />    &END COLLECTIVE<br />    &COLLECTIVE<br />       COLVAR  7<br />       TARGET [deg] 170<br />       INTERMOLECULAR T<br />       &RESTRAINT<br />        K 10<br />       &END RESTRAINT<br />    &END COLLECTIVE<br />&END CONSTRAINT<br />But with small value of force constant, the restrain does not work and when I increase the value, the molecules break apart. <br /></div><div>Is there any alternative way to do it ? what am I doing wrong ? Any suggestion is appreciated . <br /></div><div>Sincerely <br /></div><div>Bijaya</div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/db40d32a-34d6-4e27-8d7c-0967859c6313n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/db40d32a-34d6-4e27-8d7c-0967859c6313n%40googlegroups.com</a>.<br />