Hello CP2K community,<br /><br />I am trying to run a molecular dynamics calculation on CP2K (version: 2024.2). My reaction system has one trans-stilbene and one 2-bromophenol in an explicit DMF (89 molecules) environment in a 30*20*20 box.<br />I receive the following error when I try to run this calculation using cp2k.ssmp or cp2k.psmp -np 4:<div>*********************<br /><b>Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.<br /><br />Backtrace for this error:<br />#0  0x7fc2efbd35af in ???<br />#1  0x7fc2efc2c949 in ???<br />#2  0x15cf3d1 in __topology_connectivity_util_MOD_topology_connectivity_pack<br />        at /common/software/install/manual/cp2k/2024.2-ompi-4.1.5/src/topology_connectivity_util.F:204<br />#3  0x15b1f6c in __topology_MOD_topology_control<br />        at /common/software/install/manual/cp2k/2024.2-ompi-4.1.5/src/topology.F:211<br />#4  0xad4531 in __cp_subsys_methods_MOD_cp_subsys_create<br />        at /common/software/install/manual/cp2k/2024.2-ompi-4.1.5/src/cp_subsys_methods.F:161<br />#5  0x1a4eb3d in __fist_environment_MOD_fist_init<br />        at /common/software/install/manual/cp2k/2024.2-ompi-4.1.5/src/fist_environment.F:168<br />#6  0xb1b010 in __fist_main_MOD_fist_create_force_env<br />        at /common/software/install/manual/cp2k/2024.2-ompi-4.1.5/src/fist_main.F:98<br />#7  0xb140e2 in __f77_interface_MOD_create_force_env<br />        at /common/software/install/manual/cp2k/2024.2-ompi-4.1.5/src/f77_interface.F:802<br />#8  0x472895 in cp2k_run<br />        at /common/software/install/manual/cp2k/2024.2-ompi-4.1.5/src/start/cp2k_runs.F:313<br />#9  0x47748e in __cp2k_runs_MOD_run_input<br />        at /common/software/install/manual/cp2k/2024.2-ompi-4.1.5/src/start/cp2k_runs.F:968<br />#10  0x47121d in cp2k<br />        at /common/software/install/manual/cp2k/2024.2-ompi-4.1.5/src/start/cp2k.F:379<br />#11  0x412a7c in main<br />        at /common/software/install/manual/cp2k/2024.2-ompi-4.1.5/src/start/cp2k.F:44<br />Segmentation fault</b></div><div><b>*****************************</b></div><div><br /></div><div><br />My input file is given below, and the necessary files are attached to the email:<div>**************************<br />&GLOBAL<br />   PROJECT_NAME "tb-2brphoh-in-DMF-FFMD-equi-NPT-300K"<br />   RUN_TYPE MD<br /> &END GLOBAL<br /> &MOTION<br />   &MD<br />     ENSEMBLE NPT_I<br />     STEPS 200000<br />     TIMESTEP [fs] 0.5<br />     TEMPERATURE [K] 300<br />     &BAROSTAT<br />       PRESSURE [bar] 1.0<br />     &END BAROSTAT<br />     &THERMOSTAT<br />       TYPE NOSE<br />       REGION GLOBAL<br />       &NOSE<br />         LENGTH 3<br />         TIMECON  1000<br />       &END NOSE<br />     &END THERMOSTAT<br />   &END MD<br /> &END MOTION<br /> &FORCE_EVAL<br />   METHOD FIST<br />   STRESS_TENSOR ANALYTICAL<br />   &MM<br />     &FORCEFIELD<br />       PARMTYPE CHM<br />       PARM_FILE_NAME ~/ff-parameters/charmm/toppar/par_all36_cgenff.prm<br />       &SPLINE<br />         RCUT_NB  10.0<br />         EMAX_SPLINE  1.0E06<br />       &END SPLINE<br />     &END FORCEFIELD<br />     &POISSON<br />       &EWALD<br />         EWALD_TYPE SPME<br />         ALPHA  0.44<br />         GMAX 36<br />         O_SPLINE 6<br />       &END EWALD<br />     &END POISSON<br />   &END MM<br />   &SUBSYS<br />     &CELL<br />       ABC  29.8939  20.0440  20.0440<br />       ALPHA_BETA_GAMMA  90 90 90<br />       SYMMETRY TETRAGONAL_BC<br />     &END CELL<br />     &TOPOLOGY<br />       COORD_FILE_NAME ./tb-2brphoh-in-DMF.pdb<br />       COORD_FILE_FORMAT PDB<br />       CONN_FILE_NAME ./tb-2brphoh-in-DMF.psf<br />       CONN_FILE_FORMAT PSF<br /></div><div>     &END TOPOLOGY<br />   &END SUBSYS<br /> &END FORCE_EVAL<br />********************************</div></div><div><br /></div><div><br /></div><div><div>I have been struggling to figure out where the problem is and how I can fix it. I have tried increasing the available memory and cores, but it didn't help.<br /><br />Could anyone please help me work this problem out? I would really appreciate your time and help.<br /><br />Thanks a lot,</div><div>Akanksha</div></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/dd96f23d-d0e1-45bd-b80e-915e049354c4n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/dd96f23d-d0e1-45bd-b80e-915e049354c4n%40googlegroups.com</a>.<br />