Hi Elham, <div><br /></div><div>1 Even with PERIODIC XY, the simulation cell has to be defined such that sufficient vacuum space is present to ensure that the charge density goes to zero at the boundary and the  poisson solver correctly works. </div><div>2 No  it is not possible to define the regions as volume partitions. To account for switches of molecule-type between QM and MM one should use adaptive QM/MM :</div><div><span style="font-size: 16px; caret-color: rgb(27, 27, 27); color: rgb(27, 27, 27); font-family: "Roboto Mono Web", "Bitstream Vera Sans Mono", Consolas, Courier, monospace;">Mones L, Jones A, Götz AW, Laino T, Walker RC, Leimkuhler B, Csányi G, Bernstein N. The adaptive buffered force QM/MM method in the CP2K and AMBER software packages. J Comput Chem. 2015 Apr 5;36(9):633-48. doi: 10.1002/jcc.23839. Epub 2015 Feb 3. PMID: 25649827; PMCID: PMC4351341.</span><br /><br /></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, April 16, 2025 at 2:23:55 PM UTC+2 e.go...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><p><font size="3" face="Arial">Dear CP2K Developers and Users,</font></p>
<p><font size="3" face="Arial">I am writing to ask two questions related to CP2K simulations:</font></p>
<ol>
<li>
<p><font size="3" face="Arial">2D Slab Without Vacuum<br>
I am interested in modeling a 2D slab of liquid without introducing vacuum along the non-periodic direction (e.g., the <em>z</em>-axis). I have already set the Poisson solver to PERIODIC XY and changed the cell periodicity from XYZ to XY. My question is:<br>
Are these two settings indeed sufficient to correctly model a 2D slab without any vacuum in the non-periodic direction, or is additional setup required?</font></p>
</li>
<li>
<p><font size="3" face="Arial">Region-Based QM/MM Partitioning<br>
Is it possible in CP2K to define the QM, QM/MM and MM regions based on spatial regions (e.g., z-axis areas) rather than using fixed atom indices? This would be especially helpful for systems like liquids, where atoms move across layers during simulation.</font></p>
</li>
</ol>
<p><font size="3" face="Arial">Thank you, </font></p><p><font size="3" face="Arial">Elham</font></p></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/33a4a621-83e4-418a-9aa5-de32177dc500n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/33a4a621-83e4-418a-9aa5-de32177dc500n%40googlegroups.com</a>.<br />