<div>Hello Marcella, <br /></div><div><br /></div><div>Thanks a lot for your reply! Now I got it. <br /></div><div>The cell size in nvt.inp was overwritten by the one in  EM-1.restart. <br /></div><div><br /></div><div>I did see the warning, but did not realize this is due to the mismatch between nvt.inp and EM-1.restart,</div><div>I was only checking nvt.inp. <br /></div><div><br /></div><div>Thanks again! <br /></div><div><br /></div><div><br /></div><div>All the best,</div><div>Qinghua<br /></div><br /><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, April 10, 2025 at 4:17:24 PM UTC+2 Marcella Iannuzzi wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi Qinghua<div><br></div><div>The CELL size is different and in at lest one case there is a warning </div><div><br></div><div> *** WARNING in pw_env_methods.F:742 :: The selected periodicities in the ***<br> *** sections &CELL and &POISSON do not match     </div><div><br></div><div>Regards</div><div>Marcella<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, April 10, 2025 at 3:39:52 PM UTC+2 <a href data-email-masked rel="nofollow">qingh...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hello everyone, <br></div><div><br></div><div>I performed ab initio MD simulations of alpha-glucose, beta-glucose, alpha-mannose and beta-mannose in gas phase using CP2K 2024.3 on a cluster. <br></div><div><br></div><div>alpha-glucose, beta-glucose, alpha-mannose and beta-mannose are isomers with 24 atoms. <br></div><div><br></div><div>However, the performance I got are quite different: <br></div><div>alpha-glucose: ~6.5 s/step</div><div>beta-glucose: ~1.8 s/step</div><div>alpha-mannose: ~6.5 s/step</div><div>beta-mannose: ~6.5 s/step</div><div><br></div><div>The difference is so big that I could not figure it out.  Could someone help me understand it?  Thanks so much! <br></div><div><br></div><div>I also observed this difference with CP2K 2023.1 and 2024.1.<br></div><div><br></div><div>The attached are the input and output files. <br></div><div><br></div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Qinghua<br></div><div><br></div><div><br></div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/c80926b3-09a6-41b9-8351-bac6f523b864n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/c80926b3-09a6-41b9-8351-bac6f523b864n%40googlegroups.com</a>.<br />