<span style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small;">Dear all</span><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small;">An NPT molecular dynamics simulation using CP2K version 2023.2 fails to proceed beyond the initial setup phase. The system consists of a protein (Zn2+), water molecules, Na+ and Cl- ions, and a custom ligand (residue name PH3), defined by coordinates in cp2kinput.pdb and AMBER force field parameters/topology in cp2k-initial.prmtop.</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small;">The CP2K calculation initiates successfully, reads the global and motion parameters, and correctly interprets the simulation cell geometry defined in the input file (npt-cp2k.inp). However, the simulation terminates prematurely (without generating explicit error messages in the log file) immediately after printing the CELL_TOP information and before processing the molecular topology or force field parameters.<div></div><div><span style="color: rgba(0, 0, 0, 0.87); font-family: Roboto, RobotoDraft, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 14px;">I would appreciate it if someone could give me a hint. I have attached my files.</span></div></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/9ddc6fa0-79d8-4b7d-9221-eb46e8f681f4n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/9ddc6fa0-79d8-4b7d-9221-eb46e8f681f4n%40googlegroups.com</a>.<br />