Hi, <div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  I'm using CP2K to simulate N2 molecule. For the non-bonded potential I use an analytical potential using the GENPOT feature. I have 4 N2 molecules and I defined the coordinates with a PDB file and the connectivity with a PSF file, which is generated using the autoPSF module of VMD. When I start the simulation, the bonded Nitrogen molecule are not staying bonded: they dissociate and  move on their own. I have defined a Harmonic type potential for the bond and provided the K and the bond-length. <br />Why is this happening despite me defining the bonds through PSF file?<br />Can anyone help me find the issue? Is there anything wrong with the syntax?<br /><br /><br /></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/e363f893-cca1-4a33-8e8b-c183197a66afn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/e363f893-cca1-4a33-8e8b-c183197a66afn%40googlegroups.com</a>.<br />