<!DOCTYPE html>
<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body>
    <p>Hello again,</p>
    <p>Maybe I'm visualizing wrong, but it looks to me like the
      "adsorbed" ammonia molecule did not optimize to the structure you
      wanted. It looks like you have a molecule split on either side of
      the graphene sheet. If this is what you meant to do, it's fine,
      otherwise you need to rebuild it. It looks like you did not
      re-optimize either the ammonia molecule or the graphene sheet,
      which you must do if you want to have meaningful energetics. Right
      now, you are seeing that starting from an extremely distorted NH3
      and a distorted graphene, it is much much favorable to adsorb on
      graphene, which makes sense but does not give you the information
      you want.</p>
    <p>Take care :)</p>
    <p>Quentin<br>
    </p>
    <p></p>
    <div class="moz-cite-prefix">On 04/03/2025 06:42, Oksana Grinevich
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:b03b5816-333c-411f-940d-2f3f5c2f742dn@googlegroups.com">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <blockquote type="cite"
style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small;">
        <div>nh3_last - optimization file</div>
        <div>nh3last_1 - energy for optimized geometry of bonded system</div>
        <div>nh3last_3 - energy for optimized geometry of lone graphene</div>
        <div>nh3G24_2 - energy of lone ammonia on a distance (imitation
          of infinity distance)</div>
      </blockquote>
      <br>
      <div class="gmail_quote">
        <div dir="auto" class="gmail_attr">воскресенье, 2 марта 2025 г.
          в 22:41:59 UTC+3, Quentin Pessemesse: <br>
        </div>
        <blockquote class="gmail_quote"
style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
          <div>Hello, <br>
          </div>
          <div>Could you please send the .inp files so that I can have a
            look ? It looks like maybe something went wrong with the
            geometry optimization of either your lone components or your
            adduct.</div>
          <div>Best,</div>
          <div>Quentin</div>
          <br>
          <div class="gmail_quote">
            <div dir="auto" class="gmail_attr">Le mercredi 26 février
              2025 à 13:22:13 UTC+1, Oksana Grinevich a écrit :<br>
            </div>
            <blockquote class="gmail_quote"
style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I
              am running calculations to obtain binding energy of a
              molecule on the graphene sheet. After obtaining the energy
              value of this system (bonded), I calculate the energy
              values for lone molecule and lone graphene atoms (I tried
              with the same coordinates and varying them). Thus, I can
              roughly find the excess (adsorption) energy as follows:
              <div><br>
              </div>
              <div>E (excess)=E(bonded)-E(lone molecule)-E(lone
                graphene)</div>
              <div><br>
              </div>
              <div>After this step I want to convert this energy to
                kJ/mol (*2625.5). It worked pretty well for benzene on
                graphene (obtained 40 kJ/mol) and other aromatic
                structures but for ammonia and triethylamine I can
                obtain something like 700 kJ/mol or even more which
                seems not physically corrected values.</div>
              <div><br>
              </div>
              <div>I would like to know where I did wrong and what can I
                do to improve results.</div>
            </blockquote>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      -- <br>
      You received this message because you are subscribed to a topic in
      the Google Groups "cp2k" group.<br>
      To unsubscribe from this topic, visit <a
href="https://groups.google.com/d/topic/cp2k/3aapnxy2z5A/unsubscribe"
        moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext">https://groups.google.com/d/topic/cp2k/3aapnxy2z5A/unsubscribe</a>.<br>
      To unsubscribe from this group and all its topics, send an email
      to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com"
        moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br>
      To view this discussion visit <a
href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/b03b5816-333c-411f-940d-2f3f5c2f742dn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer"
        moz-do-not-send="true">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/b03b5816-333c-411f-940d-2f3f5c2f742dn%40googlegroups.com</a>.<br>
    </blockquote>
  </body>
</html>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/4dba4a11-f67f-4dae-b878-76584633cf8b%40gmail.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/4dba4a11-f67f-4dae-b878-76584633cf8b%40gmail.com</a>.<br />