<br /><p><font face="Times New Roman">Dear Marcella,<br /></font></p>
<p><font face="Times New Roman">I have resolved the previous issue, and I sincerely appreciate your help.</font></p>
<p><font face="Times New Roman">However, I’m encountering a new problem regarding the temperature stability in my simulation. Below are the parameters I’m using:</font></p>
<font face="Times New Roman">&MD
   TIMESTEP 1
   TEMPERATURE 298.15
   ENSEMBLE LANGEVIN
   STEPS 1000
      &LANGEVIN
        GAMMA 0.01
        NOISY_GAMMA 0.0001
      &END LANGEVIN
      &THERMAL_REGION
       DO_LANGEVIN_DEFAULT F
       &DEFINE_REGION
         TEMPERATURE 298.15
         DO_LANGEVIN T
         LIST 1..282 377..517
         NOISY_GAMMA_REGION 2.2E-4
       &END DEFINE_REGION
       &DEFINE_REGION
         TEMPERATURE 298.15
         DO_LANGEVIN T
         LIST 283..376 518
         NOISY_GAMMA_REGION 5E-5
       &END DEFINE_REGION
      &END THERMAL_REGION
  &END MD

</font><p><font face="Times New Roman">The temperature in the ener file is continuously dropping, and I’m wondering how I could adjust the settings to keep it stable around 300 K.</font></p>
<p><font face="Times New Roman">I would greatly appreciate any suggestions or guidance you may have.</font></p>
<p><font face="Times New Roman">Best regards,<br />
Zhang Yichen</font></p><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">在2025年2月22日星期六 UTC+8 16:42:13<Marcella Iannuzzi> 写道:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">HI Zhang Yichen<div><br></div><div>There should be no commas in the lists of atoms</div><div>LIST 1..282, 377..517<br></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br></div><div><br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Saturday, February 22, 2025 at 7:15:11 AM UTC+1 <a href data-email-masked rel="nofollow">zhangyi...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><p>Dear CP2K Community,</p>
<p>I am encountering an error while running a Langevin simulation in CP2K. I would appreciate your assistance in resolving this issue.</p>
<p><strong>Input File:</strong> </p><p>&GLOBAL<br>  PROJECT cp2k<br>  PRINT_LEVEL LOW<br>  RUN_TYPE MD<br>&END GLOBAL<br><br>&MOTION<br>  &MD<br>    ENSEMBLE LANGEVIN<br>    STEPS 200<br>    TIMESTEP 1<br>    TEMPERATURE 298.15<br>      &LANGEVIN<br>        GAMMA 0.005<br>        NOISY_GAMMA 0.0001<br>      &END LANGEVIN<br>      &THERMAL_REGION<br>        DO_LANGEVIN_DEFAULT F <br>        &DEFINE_REGION<br>          TEMPERATURE 298.15<br>          DO_LANGEVIN T<br>          LIST 1..282, 377..517<br>          NOISY_GAMMA_REGION 1E-4<br>        &END DEFINE_REGION<br>        &DEFINE_REGION<br>          TEMPERATURE 298.15<br>          DO_LANGEVIN F<br>          LIST 283..376, 518<br>          NOISY_GAMMA_REGION 1E-6<br>        &END DEFINE_REGION<br>      &END THERMAL_REGION<br>  &END MD<br>  &GEO_OPT<br>    TYPE MINIMIZATION #Search for minimum<br>    KEEP_SPACE_GROUP F #If T, then space group will be detected and preserved<br>    OPTIMIZER LBFGS #Can also be CG (more robust for difficult cases) or BFGS<br>    &LBFGS<br>      TRUST_RADIUS 0.2 #Trust radius (maximum stepsize) in Angstrom<br>      MAX_H_RANK 5 #Larger values (e.g. 30) will accelerate convergence behaviour at the cost of a larger memory consumption<br>    &END LBFGS<br>    MAX_ITER 500 #Maximum number of geometry optimization<br>    MAX_DR 3E-3 #Maximum geometry change<br>    RMS_DR 1.5E-3 #RMS geometry change<br>    MAX_FORCE 6E-4 #Maximum force<br>    RMS_FORCE 3E-4 #RMS force<br>  &END GEO_OPT<br>  &PRINT<br>    &TRAJECTORY<br>      FORMAT xyz<br>      &EACH<br>        MD 1<br>      &END EACH<br>    &END TRAJECTORY<br>    &VELOCITIES<br>      &EACH<br>        MD 1<br>      &END EACH<br>    &END VELOCITIES<br>    &RESTART<br>      BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backing up restart file, 0 means never<br>    &END RESTART<br>    &RESTART_HISTORY<br>     &EACH<br>      MD 500<br>     &END EACH<br>    &END RESTART_HISTORY<br>  &END PRINT<br>&END MOTION<br><br>&FORCE_EVAL<br>  METHOD Quickstep<br>  &SUBSYS<br>    &CELL<br>      ABC 17.0434 14.7600 20.0000<br>      ALPHA_BETA_GAMMA 90 90 90 <br>      PERIODIC XYZ #Direction(s) of applied PBC (geometry aspect)<br>    &END CELL<br>    &COORD<br>      @INCLUDE 'coord.inc'<br>    &END COORD<br>    &KIND Fe<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q16<br>    &END KIND<br>    &KIND O<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q6<br>    &END KIND<br>    &KIND C<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q4<br>    &END KIND<br>    &KIND H<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q1<br>      MASS 2.0<br>    &END KIND<br>    &KIND N<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q5<br>    &END KIND<br>  &END SUBSYS<br><br>  &DFT<br>    UKS T  <br>    @SET DATAPATH /public/home/chenyicong/cp2k_data<br>    POTENTIAL_FILE_NAME ${DATAPATH}/GTH_POTENTIALS  <br>    BASIS_SET_FILE_NAME ${DATAPATH}/BASIS_MOLOPT <br>    WFN_RESTART_FILE_NAME ./RESTART.wfn<br>    CHARGE    0 #Net charge<br>    MULTIPLICITY    1 #Spin multiplicity<br>    &QS<br>      EXTRAPOLATION_ORDER 0#need test 0 1 2 3<br>      EPS_PGF_ORB 1.0E-6<br>      EXTRAPOLATION ASPC<br>      EPS_DEFAULT 1.0E-12 #Set all EPS_xxx to values such that the energy will be correct up to this value<br>    &END QS<br>    &XC<br>      &XC_FUNCTIONAL PBE<br>      &END XC_FUNCTIONAL<br>      &XC_GRID<br>       XC_SMOOTH_RHO NN10<br>       XC_DERIV SPLINE2_SMOOTH<br>      &END XC_GRID<br>       &VDW_POTENTIAL<br>        POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL<br>        &PAIR_POTENTIAL<br>          PARAMETER_FILE_NAME ${DATAPATH}/dftd3.dat<br>          TYPE DFTD3<br>          REFERENCE_FUNCTIONAL PBE<br>          R_CUTOFF 10.<br>        &END PAIR_POTENTIAL<br>      &END VDW_POTENTIAL<br>    &END XC<br>    &MGRID<br>      CUTOFF 400<br>      NGRIDS 20<br>      REL_CUTOFF 40<br>    &END MGRID<br>    &SCF<br>      SCF_GUESS RESTART<br>      MAX_SCF 100 #Maximum number of steps of inner SCF<br>      EPS_SCF 1.0E-05 #Convergence threshold of density matrix of inner SCF<br>      MAX_SCF_HISTORY 5<br>      &OT<br>        PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE #FULL_KINETIC&FULL_SINGLE_INVERSE is also worth to try. FULL_ALL is better but quite expensive for large system<br>        MINIMIZER BROYDEN #CG is worth to consider in difficult cases<br>        BROYDEN_BETA 0.9<br>        BROYDEN_SIGMA 0.1<br>        LINESEARCH 2PNT #1D line search algorithm for CG. 2PNT is default. 3PNT is more expensive but may be better. GOLD is best but very expensive<br>      &END OT<br>      &OUTER_SCF<br>        MAX_SCF 20 #Maximum number of steps of outer SCF<br>        EPS_SCF 1.0E-05 #Convergence threshold of outer SCF<br>      &END OUTER_SCF<br>      &MIXING ON<br>       ALPHA 0.1<br>       BETA 0.5<br>      &END MIXING<br>      &PRINT<br>        &RESTART #Note: Use "&RESTART OFF" can prevent generating .wfn file<br>          FILENAME =RESTART.wfn<br>          BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backup copies of wfn file. 0 means never<br>        &END RESTART<br>      &END PRINT<br>    &END SCF<br>  &END DFT<br><br>  &PRINT<br>    &FORCES ON<br>    &END FORCES<br>  &END PRINT<br>&END FORCE_EVAL<br></p>
<p><strong>Error Message:</strong> </p><p><img alt="WeChat21f164d341cdf7c90fcd0053d7821503.jpg" width="534px" height="267px" src="https://groups.google.com/group/cp2k/attach/161a6c379c7a6/WeChat21f164d341cdf7c90fcd0053d7821503.jpg?part=0.3&view=1"><br></p>
<p>Thank you in advance for your help.</p>
<p>Best regards,</p>
<p>Zhang Yichen</p></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/57da29d6-2ce3-485a-8ad5-6e31bc1d45d4n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/57da29d6-2ce3-485a-8ad5-6e31bc1d45d4n%40googlegroups.com</a>.<br />