Hello everyone,<div><br /></div><div>I am very new to CP2K and MD simulations in general.  I am attempting to recreate the work in the following paper</div><div>Garrec et al. 2011, Insights into instrastrand cross-link lesions of DNA from QM/MM Molecular Dynamics Simulations</div><div>https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ja2084042<br /></div><div><br /></div><div>I have done the classical MD simulations using AMBER on the same B-strand DNA structure described by Garrec et al.  <br /><br />I am now trying to use CP2K and the output of the final AMBER production run to run a hybrid QM/MM simulation.  As a test, before I move forward with the procedure described in Garrec, I am running a short NVT simulation with the quantum mask associated with the appropriate DNA atoms in the G6 and T7 bases as outlined in Garrec.  The simulation runs without errors but the QM area becomes very unstable with bonds breaking.  The energy/temp of the system increases over time rather then finding an equilibrium.  I've uploaded my CP2K input file.  If anyone can look it over and point out any mistakes I might have made or suggest what could be going wrong I would greatly appreciate it.  <br /><br />Best,</div><div>Jeffrey</div><div><br /></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/70402cf6-b51e-4433-9a4f-fa6185959113n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/70402cf6-b51e-4433-9a4f-fa6185959113n%40googlegroups.com</a>.<br />