<div>Hi,</div><div><br /></div><div>To obtain Mulliken overlap population between the adsorbate and graphene, you can use Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn) via the following steps:</div><div>(1) Generate .molden file by CP2K, and manually add [Cell] field into the .molden file to define cell information (see Section 2.9.2.1 of Multiwfn manual for detail)</div><div>(2) Load the .molden file into Multiwfn, then enter main function 9</div><div>(3) Choose option -1 to define two fragments, which should correspond to the absorbate and graphene, respectively.</div><div>(4) Choose option "4 Mulliken bond order (Mulliken overlap population) analysis". Then you will see the overlap population between the two fragments.</div><div><br /></div><div>Note that when k-points are considered, .molden cannot be generated by CP2K. So you need to use a sufficiently large graphene model and only consider Gamma point.</div><div><br /></div><div>Also note that overlap population is not directly relevant to charge transfer between fragments. To character amount of charge transfer, you can calculate fragment charge (sum of atomic charges in the fragment) for absorbate.<br /></div><div><br /></div><div>Tian Lu<br /></div><br /><div><div dir="auto">On Tuesday, January 28, 2025 at 12:13:11 PM UTC+2 Oksana Grinevich wrote:<br /></div><blockquote style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hello!<div><br /></div><div>I was modeling the adsoprtion on graphene where I calculated energy and mulliken charges and also printed a cube file. My supervisor asked me for 'overlap populations between sorbate and graphene atoms' but I don't know where can I find it in my cp2k output files. He said that 'atomic population' in output file for Mulliken charges isn't the parameter we're looking for. We want to evaluate the charge transfer between sorbate and graphene during adsorption. </div><div><br /></div><div>Hope someone can help me. I'm not powerfull in quantum calculations theory so I would like to get any help or explanation. I attached output file where I calculated adsoprtion of pyridazine on graphene. </div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/5d7597a3-1d7b-4e7a-959d-75362edbd831n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/5d7597a3-1d7b-4e7a-959d-75362edbd831n%40googlegroups.com</a>.<br />