Hi ....<div><br /></div><div>In metadynamics one does not set target values for CVs.</div><div>In case you want to run constraint dynamics from A to B, please use the constraint section and set target, target growth, and target limit.</div><div><br /></div><div>Regards</div><div>Marcella<br /><br /></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, December 19, 2024 at 10:35:50 AM UTC+1 val...@umich.edu wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi,<div><br></div><div>I am setting up a metadynamics simulation to move a Hydrogen away from a specific Oxygen. I am planning on setting up a distance based collective variable. The DISTANCE function under COLVAR does not give a final value to move towards. How do I do this?</div><div><br></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)"><span dir="auto" aria-label="&MOTION &MD 
        @INCLUDE            ${intg_file} 
         STEPS              1000 
         TIMESTEP           0.5 
         TEMPERATURE        300 &END MD &FREE_ENERGY &METADYN 
      DO_HILLS .TRUE. ! unbiased MTD run 
      NT_HILLS 60 !  
      WW 0.5E-3 ! height of the gaussian to spawn - default = 0.1 hartree         &METAVAR ! for each COLVAR, a METAVAR section has to be set 
        COLVAR 1 
        SCALE  1 ! change only when do_hills true &END METAVAR &PRINT &COLVAR 
           COMMON_ITERATION_LEVELS 3 &EACH 
             MD 1 &END EACH &END COLVAR           &HILLS 
           COMMON_ITERATION_LEVELS 3 &EACH 
             MD 1 &END EACH &END HILLS &END PRINT &END METADYN &END FREE_ENERGY &PRINT 
        @INCLUDE            ${mdio_file} &END &END MOTION     &FORCE_EVAL 
   METHOD QS 
   STRESS_TENSOR ANALYTICAL 
   @INCLUDE                 ${qmps_file} &SUBSYS 
      @INCLUDE              ${qmbs_file} &CELL 
         @INCLUDE           ${cell_file} 
         CELL_FILE_FORMAT   cp2k 
         PERIODIC XYZ &END &TOPOLOGY 
        COORD_FILE_NAME     ${crds_file} 
        COORD_FILE_FORMAT   xyz &END TOPOLOGY         &COLVAR &DISTANCE 
          ATOMS 0 15 ! Select the middle O and H to pull 
          AXIS XYZ  &END DISTANCE &END COLVAR &END SUBSYS   &END FORCE_EVAL"><p>&MOTION<br>&MD<br>        @INCLUDE            ${intg_file}<br><br>         STEPS              1000<br>         TIMESTEP           0.5<br>         TEMPERATURE        300<br><br>&END MD<br>&FREE_ENERGY<br>&METADYN<br>      DO_HILLS .TRUE. ! unbiased MTD run<br>      NT_HILLS 60 ! <br>      WW 0.5E-3 ! height of the gaussian to spawn - default = 0.1 hartree</p><p> </p><p>      &METAVAR ! for each COLVAR, a METAVAR section has to be set<br>        COLVAR 1<br>        SCALE  1 ! change only when do_hills true<br>&END METAVAR<br>&PRINT<br>&COLVAR<br>           COMMON_ITERATION_LEVELS 3<br>&EACH<br>             MD 1<br>&END EACH<br>&END COLVAR</p><p> </p><p>        &HILLS<br>           COMMON_ITERATION_LEVELS 3<br>&EACH<br>             MD 1<br>&END EACH<br>&END HILLS<br>&END PRINT<br>&END METADYN<br>&END FREE_ENERGY<br>&PRINT<br>        @INCLUDE            ${mdio_file}<br>&END<br>&END MOTION</p><p> </p><p> </p><p>&FORCE_EVAL<br>   METHOD QS<br>   STRESS_TENSOR ANALYTICAL<br>   @INCLUDE                 ${qmps_file}<br><br>&SUBSYS<br>      @INCLUDE              ${qmbs_file}<br>&CELL<br>         @INCLUDE           ${cell_file}<br>         CELL_FILE_FORMAT   cp2k<br>         PERIODIC XYZ<br>&END<br><br>&TOPOLOGY<br>        COORD_FILE_NAME     ${crds_file}<br>        COORD_FILE_FORMAT   xyz<br>&END TOPOLOGY</p><p> </p><p>      &COLVAR<br>&DISTANCE<br>          ATOMS 0 15 ! Select the middle O and H to pull<br>          AXIS XYZ <br>&END DISTANCE<br>&END COLVAR<br>&END SUBSYS</p><p> </p><p>&END FORCE_EVAL<br></p></span><i style="min-height:1px;width:1px;opacity:0.001"></i><span style="min-height:0px"></span><i style="min-height:1px;width:1px;opacity:0.001"></i><span dir="auto">has context menu</span></span><br></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/787d6bf8-587a-4e32-b5ae-91a9c44c526fn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/787d6bf8-587a-4e32-b5ae-91a9c44c526fn%40googlegroups.com</a>.<br />