Hello, have the problems you met solved? I also met it. <br /><br /><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Friday, June 21, 2024 at 4:41:37 PM UTC+8 Bai Li wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear CP2K Users,<div><br></div><div>I am attempting to perform constrained AIMD
simulations using CP2K to study the solvation process of a diatomic molecule
(X2) transitioning from the gas phase to a solvent model represented by a slab water
model. In the constrained AIMD simulation, I define a collective variable (CV)
as the distance between the geometry center of X2 and the geometry center of all
water molecules in the water slab. I fixed this CV and performed dynamics
simulations at 300 K. <div><p><span lang="EN-US">However, in the final simulation results (taking CV = 9.0
Å as an example), some water molecules escape beyond the cell boundaries
defined in my input file. To address this, I applied a wrapping operation to
the atomic/molecular positions in the output <a href="http://pos.xyz" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=http://pos.xyz&source=gmail&ust=1734613752510000&usg=AOvVaw2f093KOs86Be6alWI-4ZBl">pos.xyz</a> file, bringing the
out-of-cell atoms/molecules back into the cell using periodic boundary
conditions. Then, I recalculated the CV for each image in the trajectory.
Surprisingly, after wrapping all atoms/molecules periodically, the CV is no
longer the initial value (9.0 Å), but instead takes on different values.
However, if I skip the wrapping operation, the CV remains at the initial value
of 9.0 Å. It seems that the CV definition does not account for periodicity
during the simulation. </span></p><p><span lang="EN-US">I would like to ask whether CP2K has this issue, or if
there might be other reasons causing this problem in my simulation results.</span></p><p>If someone have time to give me some advice,
I would appreciate it.</p>

<p><span lang="EN-US">Best regards</span></p></div></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/7d281cb4-d97e-418b-a08e-5b505b8197cen%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/7d281cb4-d97e-418b-a08e-5b505b8197cen%40googlegroups.com</a>.<br />