Hi,<div><br /></div><div>I am setting up a metadynamics simulation to move a Hydrogen away from a specific Oxygen. I am planning on setting up a distance based collective variable. The DISTANCE function under COLVAR does not give a final value to move towards. How do I do this?</div><div><br /></div><div><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span dir="auto" aria-label="&MOTION &MD          @INCLUDE            ${intg_file}           STEPS              1000           TIMESTEP           0.5           TEMPERATURE        300 &END MD &FREE_ENERGY &METADYN        DO_HILLS .TRUE. ! unbiased MTD run        NT_HILLS 60 !         WW 0.5E-3 ! height of the gaussian to spawn - default = 0.1 hartree         &METAVAR ! for each COLVAR, a METAVAR section has to be set          COLVAR 1          SCALE  1 ! change only when do_hills true &END METAVAR &PRINT &COLVAR             COMMON_ITERATION_LEVELS 3 &EACH               MD 1 &END EACH &END COLVAR           &HILLS             COMMON_ITERATION_LEVELS 3 &EACH               MD 1 &END EACH &END HILLS &END PRINT &END METADYN &END FREE_ENERGY &PRINT          @INCLUDE            ${mdio_file} &END &END MOTION     &FORCE_EVAL     METHOD QS     STRESS_TENSOR ANALYTICAL     @INCLUDE                 ${qmps_file} &SUBSYS        @INCLUDE              ${qmbs_file} &CELL           @INCLUDE           ${cell_file}           CELL_FILE_FORMAT   cp2k           PERIODIC XYZ &END &TOPOLOGY          COORD_FILE_NAME     ${crds_file}          COORD_FILE_FORMAT   xyz &END TOPOLOGY         &COLVAR &DISTANCE            ATOMS 0 15 ! Select the middle O and H to pull            AXIS XYZ  &END DISTANCE &END COLVAR &END SUBSYS   &END FORCE_EVAL"><p>&MOTION<br />&MD<br />        @INCLUDE            ${intg_file}<br /><br />         STEPS              1000<br />         TIMESTEP           0.5<br />         TEMPERATURE        300<br /><br />&END MD<br />&FREE_ENERGY<br />&METADYN<br />      DO_HILLS .TRUE. ! unbiased MTD run<br />      NT_HILLS 60 ! <br />      WW 0.5E-3 ! height of the gaussian to spawn - default = 0.1 hartree</p><p> </p><p>      &METAVAR ! for each COLVAR, a METAVAR section has to be set<br />        COLVAR 1<br />        SCALE  1 ! change only when do_hills true<br />&END METAVAR<br />&PRINT<br />&COLVAR<br />           COMMON_ITERATION_LEVELS 3<br />&EACH<br />             MD 1<br />&END EACH<br />&END COLVAR</p><p> </p><p>        &HILLS<br />           COMMON_ITERATION_LEVELS 3<br />&EACH<br />             MD 1<br />&END EACH<br />&END HILLS<br />&END PRINT<br />&END METADYN<br />&END FREE_ENERGY<br />&PRINT<br />        @INCLUDE            ${mdio_file}<br />&END<br />&END MOTION</p><p> </p><p> </p><p>&FORCE_EVAL<br />   METHOD QS<br />   STRESS_TENSOR ANALYTICAL<br />   @INCLUDE                 ${qmps_file}<br /><br />&SUBSYS<br />      @INCLUDE              ${qmbs_file}<br />&CELL<br />         @INCLUDE           ${cell_file}<br />         CELL_FILE_FORMAT   cp2k<br />         PERIODIC XYZ<br />&END<br /><br />&TOPOLOGY<br />        COORD_FILE_NAME     ${crds_file}<br />        COORD_FILE_FORMAT   xyz<br />&END TOPOLOGY</p><p> </p><p>      &COLVAR<br />&DISTANCE<br />          ATOMS 0 15 ! Select the middle O and H to pull<br />          AXIS XYZ <br />&END DISTANCE<br />&END COLVAR<br />&END SUBSYS</p><p> </p><p>&END FORCE_EVAL<br /></p></span><i style="height: 1px; width: 1px; opacity: 0.001;"></i><span style="min-height: 0px;"></span><i style="height: 1px; width: 1px; opacity: 0.001;"></i><span dir="auto">has context menu</span></span><br /></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/8115c8cc-cdb9-492b-a8d8-eb38c4eded67n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/8115c8cc-cdb9-492b-a8d8-eb38c4eded67n%40googlegroups.com</a>.<br />