<p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;">To whom it may concern,</span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;"><br /></span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;">Why are the minima and fes.dat generated by the graph program inconsistent?</span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;"> </span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;">I am performing 2D metadynamics for a reaction. After generating the free energy surface (FES) and locating the minima with the graph program distributed with cp2k, I found the minima located by the graph program to be inconsistent.</span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;"> </span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;">For example, the fes.dat generated with the following command has the lowest energy point (2.6472065282, 0.1710029784) and an FES value of -0.1132140742.</span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;"> </span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;">graph.psmp -cp2k -ndim 2 -ndw 1 2 -file multi-walker-mtd-1.restart -find-minima</span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;"> </span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;">The graph program found the lowest energy minima at (2.647207, 0.222007 ) with an FES value of -0.105939. I would have expected a minimum with an FES value less than or equal to -0.113240742 (the lowest free energy in fes.dat).</span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;"> </span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;">How can I use the graph program to find the lowest energy minimum?  </span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;"> </span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;">How can I be sure that the graph program has located all the relevant minima on the FES?</span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;"><br /></span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;">I have attached the output from the graph program (fes.out), the free energy surface file (fes.dat), and the input cp2k restart file used for input to the graph program.  Note that I have compressed fes.dat and the restart file.</span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;"><br /></span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;">Thank you for your attention.</span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;"><br /></span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;">John J. Low</span></p><p style="margin: 0in; font-size: medium; font-family: Aptos, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-family: Helvetica;">Argonne National Laboratory</span></p>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/89a3112c-9b84-4cee-9851-9ddaeff15e2an%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/89a3112c-9b84-4cee-9851-9ddaeff15e2an%40googlegroups.com</a>.<br />