Dear Michela, <div><br /></div><div>You mentioned a liquid, but the xyz you posted shows a sort of lattice forming a cubic cage containing the CO2. </div><div>For sure the system sie is very small and I doubt it represents a reliable model for liquid Ga with CO2.  Ga crystalline in a base centred orthorhombic structure, maybe you can start to verify whether you can reproduce that.<br /></div><div>From the output, one observes that the pressure is rather negative (compressive), indeed the volume very rapidly shrinks and the temperature of the barostat becomes crazy.  </div><div>To generate a reasonable liquid-model  rather long sampling is required and some structural parameters (e.g., correlation functions) and electronic parameters should be used to verify the reliability of the model. </div><div>Once the model of the liquid is OK, one can think of inserting a solute and re-equilibrate. </div><div><br /></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br /></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, October 24, 2024 at 3:47:21 PM UTC+2 bnzmi...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi Marcella and everyone,<br><br><div>I wanted to follow up on your advice. I used an equilibrated structure of 64 Ga atoms, eliminated ~8 central Ga atoms and added the CO2 molecule. The MD steps converged until step #14, then the SCF loop did not converge. I wanted to update anyone who may be looking at this thread for guidance: I will be sizing up my cell dimensions.</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><div>Michela<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, October 3, 2024 at 1:22:48 PM UTC-4 Marcella Iannuzzi wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi</div>If you have a good equilibrated Ga liquid box (right density and low stress tensor) I wouldn't run GEO_OPT<div>Obviously introducing CO2 is going to change the conditions, but I would anyway start with a NVT run for a first equilibration and then run NPT to re-equilibrate the volume. I would add the CO2 molecule and remove all the Ga atoms within a certain radius from the center of mass of the molecule, and then run the equilibrations as described above. </div><div>The only way to lower the concentration is to increase the amount of Ga, i.e., increase the box. </div><div>Regards</div><div>Marcella <br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, October 3, 2024 at 5:02:46 PM UTC+2 <a rel="nofollow">bnzmi...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Marcella,<br><br>Thank you again!<br><br>1) should I run GEO_OPT on the pure Ga liquid, then add CO2?<br>2) How should I form a cavity artificially without disrupting the newly equilibrated Ga structure?<br>3) I only have one molecule of CO2 in there - How should I go about lowering the concentration? Should I just increase my #Ga atoms and add 1 CO2 molecule?<br><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Michela<br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, October 3, 2024 at 10:20:25 AM UTC-4 Marcella Iannuzzi wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><br></div>Dear Michela, <div><br></div><div>The procedure you describe  does not sound very appropriate to me. </div><div>You should first obtain a liquid system, without solute. </div><div>I suppose you should check for density and other properties and have a sufficiently large box. </div><div>Then you can create a cavity in the equilibrated liquid and insert the solute, still with the right C-O bond length.</div><div>If the SCF does not converge anymore after a few steps it is probably because of the coordinates. </div><div>The concentration of CO2 seems rather high. </div><div><br></div><div>You can use GAPW. It is more commonly used for all electron calculations. With PP, GPW is as accurate.</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br></div><div><br></div><div><div><br></div></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, October 3, 2024 at 3:02:10 PM UTC+2 <a rel="nofollow">bnzmi...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi Marcella,</div><div><br></div><div>thank you for your kind response and your time.<br><br>1) I just switched to double zeta quality a few hours ago, but my MD just crashed because, weirdly, it converged for the first few SCF loops, but then it stopped converging (attached the output file here to explain).<br></div><br>2) I am using GAPW because I found that augmented plane waves method worked really well with my liquid Al systems before. that method is also reported in DFT literature for liquid Ga. Rationalizing it, I think it works because it samples regions of space with different charge densities with more accuracy. Do you think I should consider something else?<br><br><div>3) I used a cell size to represent the density of liquid Ga with the # of atoms I have. I prepared my coordinates with a Python script, then relaxed the geometry in Avogadro2 software and inserted CO2 such that it was a distance of min 2.5 A to minimize initial repulsion with Ga atoms. Do you have any suggestions to prepare a structure? I am leaving 1-2 A on all sides from the unit cell boundaries because I have been worried about Ga atoms being too close to neighbors across periodic boundaries.</div><div><br></div><div>Michela<br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, October 3, 2024 at 8:23:26 AM UTC-4 Marcella Iannuzzi wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Michela, <div><br></div><div>The basis set you are using is of poor quality. </div><div>The coordinates you sent show a rather strange C-O bond length</div><div>The cell is very small, but still there is vacuum space among the replicas in all directions, it is a rather weird choice of coordinates. </div><div><br></div><div>Is there a reason why you are using GAPW?<br><br></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, October 2, 2024 at 7:27:59 PM UTC+2 <a rel="nofollow">bnzmi...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Good morning dear CP2K community,</div><div><br></div><div>how are you? You may know me from previous posts on liquid Al (+CO2) MD troubleshooting. All of your responses have been super helpful so far, and I am coming here again for a different liquid metal.</div><div><br></div><div>My simulations with pure liquid Gallium have been less troublesome than all of my liquid Al simulations, but the MD with 1 CO2 molecule won't converge. Can I please get some help troubleshooting?<br><br>Thank you,</div><div><br></div><div>Michela<br></div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/1f787ddc-2f7a-4294-bd34-92ae21762ae8n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/1f787ddc-2f7a-4294-bd34-92ae21762ae8n%40googlegroups.com</a>.<br />