Dear Prof. Kühne,<div><br /></div><div>Thank you for your reply! I ran another MD simulation with the same trained NequIP model and the initial structure using ASE (where the CSVR thermostat was just recently implemented), and the simulation went stable for 1 ps.<br />Therefore, I wonder if the instability of NequIP in CP2K/2024.1 is solely due to the initial structure.<br /><br /></div><div>Best,</div><div>Kam-Tung Chan</div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Monday, September 2, 2024 at 12:19:20 AM UTC-7 tkuehne wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear <span style="color:rgb(32,33,36);font-family:Roboto,Arial,sans-serif;letter-spacing:0.25px;white-space:nowrap">Kam-Tung Chan</span>, <div><br></div><div>this is to say that your initial structure, at least according to the employed NequIP potential, </div><div>has a potential energy that is larger than the minimum energy + 300 K. Hence, the released </div><div>potential energy is converted into kinetic energy. </div><div>This is typically due to an insufficiently relaxed/equilibrated initial structure, which you can </div><div>easily remedy by conducting a quick geometry optimization, which yields you the 0 K structure.  </div><div>However, in that case in the beginning of your MD simulation kinetic energy will be converted </div><div>into potential energy, but in that case you only have to equilibrate an energy difference of just </div><div>300 K. Alternatively, you can also extensively equilibrate your system using MASSIVE thermo- </div><div>statting and potentially TEMP_TOL ... </div><div><br></div><div>Best, </div><div>Thomas Kühne</div><div><br></div><div>P.S. Obviously, this may also be a consequence that solely according to NequIP the structure is </div><div>not equilibrated though it actually is employing another potential. </div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Sunday, September 1, 2024 at 8:03:12 AM UTC+2 Kam-Tung Chan (Tonybill) wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear CP2K users,<div><br></div><div>I ran an MD simulation with a trained machine learning potential, NequIP, using CP2K. However, the system was not stable, and starting the first step of the MD run, the temperature increased from 300 K to 534 K. </div><div><br></div><div>I was following the documentation and the tutorial on Google Colab to construct my input file:<br><a href="https://manual.cp2k.org/trunk/methods/machine_learning/nequip.html" rel="nofollow" target="_blank" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://manual.cp2k.org/trunk/methods/machine_learning/nequip.html&source=gmail&ust=1725662608136000&usg=AOvVaw3Il5s-cqJqHJSFX0oad9fb">https://manual.cp2k.org/trunk/methods/machine_learning/nequip.html</a><br><a href="https://colab.research.google.com/github/gabriele16/cp2k/blob/nequip-cp2k-colab/colab/allegro-cp2k-tutorial.ipynb" rel="nofollow" target="_blank" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://colab.research.google.com/github/gabriele16/cp2k/blob/nequip-cp2k-colab/colab/allegro-cp2k-tutorial.ipynb&source=gmail&ust=1725662608136000&usg=AOvVaw3UJDz8LqroLRy8enUPs51x">https://colab.research.google.com/github/gabriele16/cp2k/blob/nequip-cp2k-colab/colab/allegro-cp2k-tutorial.ipynb</a><br>I am unsure if it is due to the problem of units, as my trained NequIP model has the units in angstrom, eV, and eV/angstrom.<br><br>I really appreciate any help you can provide!</div><div><br></div><div>Best,<br>Tonybill</div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/dc43c1e0-1c23-4392-ac17-e4d0a527a900n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/dc43c1e0-1c23-4392-ac17-e4d0a527a900n%40googlegroups.com</a>.<br />