* Degrees of freedom = 3*N atoms, and the units on my answer are J*s2 = kg*s2. <br />Sorry about the typos. Is the number normalized by the Bohr radius^2?<br /><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, August 27, 2024 at 9:06:47 AM UTC-4 Michela Benazzi wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div>Hello CP2K users,</div><div>I have previously asked a question about what kind of barostat CP2K uses, and Thomas Kuhne linked a paper on MTTK barostat which was very helpful (<a href="https://aiichironakano.github.io/phys516/Martyna-Integrator-MolPhys96.pdf" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://aiichironakano.github.io/phys516/Martyna-Integrator-MolPhys96.pdf&source=gmail&ust=1724851714048000&usg=AOvVaw0waCht_wDIk9rfXW2tpCJu">https://aiichironakano.github.io/phys516/Martyna-Integrator-MolPhys96.pdf</a>).</div><div><br></div><div>However, I tried to calculate my barostat mass to understand the units and I am still at a loss - currently, my restart BAROSTAT MASS is 3.1175614526535734E+006. According to the CP2K manual, the units could be kg, m_e or amu. I tried to calculate it myself following the MTTK formula and there is no match:<br><br>W = (N_f + 9)* (k_b*T)/2 * (t_p/2pi)^2</div><div><br></div><div>where t_p is the time constant (50 fs), T = 1200 K and N_f is degrees of freedom (aka number of atoms? 64 in my system).</div><div><br></div><div>My result is 6.0124759e-47 J (kg*m2), which is in units of moment of inertia. Even if I convert it to m_e or amu it does not match:<br>
6.0124759e-47 J (kg*m2)













<p style="margin:0in;font-family:Calibri;font-size:11pt">(or 3.61328477e+27
amu*m2)</p>

<p style="margin:0in;font-family:Calibri;font-size:11pt">(or
6.60031109024e-17 m_e*m2)</p><p style="margin:0in;font-family:Calibri;font-size:11pt"><br></p><p style="margin:0in;font-family:Calibri;font-size:11pt">I was wondering if:</p><p style="margin:0in;font-family:Calibri;font-size:11pt"><br></p><p style="margin:0in;font-family:Calibri;font-size:11pt">1) there are other units I have not considered in CP2K, or if CP2K internally converts to something else.</p><p style="margin:0in;font-family:Calibri;font-size:11pt">2) Degrees of freedom =/= number of atoms?</p><p style="margin:0in;font-family:Calibri;font-size:11pt">3) I am supposed to get rid of the m2 term by dividing by area in some way, although I am not sure how scientifically sound it would be, since we have a 3D unit cell.</p><p style="margin:0in;font-family:Calibri;font-size:11pt"><br></p><p style="margin:0in;font-family:Calibri;font-size:11pt">Thank you very much!<br></p>





</div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/7e1bc569-eb7c-418f-a480-b48773c8bd62n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/7e1bc569-eb7c-418f-a480-b48773c8bd62n%40googlegroups.com</a>.<br />