<div>Hi Tugwell,</div><div><br /></div><div>You can constrain a coordination number (CN) CV with the CONSTRAINT section under MOTION and the COLVAR section in FORCE_EVAL/SUBSYS, The COLVAR section can be specified as follows:</div><div><br /></div><div>  &COLVAR</div><div>    &COORDINATION</div><div>       ATOMS_FROM ${your_c_index}</div><div>       ATOMS_TO ${atom1_index} 
${atom1_index} ! etc. Space separated</div><div>       ! or<br />

</div><div>       ! KINDS_TO H C</div><div>       ! <br /></div><div>       NN ${your_value}<br />       ND 
${your_value}

</div><div>       R0 
${your_value}

</div><div>    &END COORDINATION<br />  &END COLVAR<br /></div><div><br />Where DN, NN, and R0 should be declared to adapt the switching function to your needs. You may well want to have 2 different switching functions for C-C and C-H bonds. You can do this by, e.g., combining 2 CN CV with the COMBINE_COLVAR function:</div><div><br /></div><div>  &COLVAR</div><div>    &COMBINE_COLVAR</div><div>      &COLVAR ! Internal CV1</div><div>          ...</div><div>      &END COLVAR</div><div>
<div>      &COLVAR ! Internal CV2</div><div>          ...</div><div>      &END COLVAR</div><div>      FUNCTION CV1 + CV2 ! Combine the previously defined CVs<br /></div><div>      VARIABLES CV1 CV2</div><div>     &END COMBINE_COLVAR</div><div>  &END COLVAR</div><div><br /></div><div>Note that the internally defined CVs do not count toward the global COLVAR numbering<br /></div>

</div><div><br /></div><div>The CV can then be constrained or restrained in the constraint section as follows:</div><div><br /></div><div>&MOTION</div><div>  &CONSTRAINT</div><div>    &COLLECTIVE<br />      COLVAR 1 ! COLVARS are numbered in the order they  were defined<br />      INTERMOLECULAR ! Presumably what you need</div><div>      TARGET 2 ! !!! This will be dependent of your definition of the switching function and your purposes</div><div>    &END COLLECTIVE</div><div>  &END CONSTRAINT</div><div>...</div><div>&END MOTION</div><div><br /></div><div>The lagrange multipliers can be accessed by adding the &LAGRANGE_MULTIPLIERS subsection in &COLLECTIVE if you want to do Bluemoon-based thermodynamic integration.</div><div><br /></div><div>If you only wish to prevent the carbene from coordinating, you could also use the LOWERWALLS functionality of Plumed (integrated within CP2K during compilation with certain flags).<br /></div><div>As a final note, choosing the CN CV with too many atoms (e.g. through the use of KINDS_TO) may cause the SHAKE algorithm, which constrains the CV, to not converge.</div><div></div><div><br /></div><div>Best,</div><div>Tjeerd</div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Monday 29 July 2024 at 16:31:03 UTC+2 T. Tugwell wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi all,<div>I am trying to run AIMD where I want to assign a CV of coordination number to a carbene carbon. I then want to limit the coordination number to almost all other carbons or hydrogens in the system. Does anyone know how this can be done in cp2k?</div><div>Best,</div><div>Thomas</div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/b7b2c7e2-a796-4688-9bb1-b71da0a03d5en%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/b7b2c7e2-a796-4688-9bb1-b71da0a03d5en%40googlegroups.com</a>.<br />