<div>COSMA and HDF5 (both written in C++) are also used by CP2K but can be turned off to build the toolchain.<br /></div><br /><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">Johann Pototschnig schrieb am Donnerstag, 25. Juli 2024 um 11:00:07 UTC+2:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div>stdio.h is a basic header, since it cannot be found it indicates a problem with the paths of C/C++. </div><div>With "which gcc" you can check the location of the compiler and then you can check that the include directory is visible. <br></div><div><br></div><div>The script get_openblas_arch.sh uses openblas routines to identify the architecture of the system, so it would be good if it is excused on the compute nodes. </div><div><br></div><div>There are some dependencies the install script checks and it then activates certain modules. </div><div>In your case it is probably the sirius module that requires cosma, gsl , hdf5, and activates them. </div><div>So you should add --with-sirius=no to deactivate the modules. <br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, July 24, 2024 at 5:55:40 PM UTC+2 Lenard Carroll wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi there, I am trying to compile CP2K on an HPC. First, I am loading the following modules:<br><br>module load GCC/11.2.0 OpenMPI/4.1.1 FFTW/3.3.10 ELPA/2021.05.001 ScaLAPACK/2.1.0-fb OpenBLAS/0.3.20 imkl/2022.0.1 CMake/3.26.4<br><br>GCC<br>OpenMPI<br>FFTW<br>ELPA<br>Scalapack<br>Openblas<br>MKL<br>CMake<br><br>Then I am running the following script with toolchain:<br>bash install_cp2k_toolchain.sh -j 48 --mpi-mode=openmpi --math-mode=mkl --with-gcc=system --with-libint=no --with-libxsmm=no --with-hdf5=no --with-spfft=no --with-spla=no --with-cosma=no --with-gsl=no --with-intel=no --with-cmake=system --with-openmpi=system --with-fftw=system --with-mkl=system --with-openblas=system --with-elpa=system --with-scalapack=system > output.log<br><br>This gives me errors in:<br>getarch.c:80:10: fatal error: stdio.h: No such file or directory<br>   80 | #include <stdio.h><br>      |          ^~~~~~~~~<br>compilation terminated.<br>make: *** [Makefile.prebuild:100: getarch] Error 1<br>Makefile.system:1546: Makefile.: No such file or directory<br>make: *** No rule to make target 'Makefile.'.  Stop.<br>ERROR: (/lustre/home/iff/lcarroll/CP2K/cp2k/tools/toolchain/scripts/get_openblas_arch.sh, line 50) Non-zero exit code detected.<br>ERROR: (./scripts/stage0/setup_buildtools.sh, line 67) Non-zero exit code detected.<br>/lustre/home/iff/lcarroll/CP2K/cp2k/tools/toolchain/scripts/tool_kit.sh: line 663: /lustre/home/iff/lcarroll/CP2K/cp2k/tools/toolchain/install/libxc-6.2.2/install_successful: No such file or directory<br>/lustre/home/iff/lcarroll/CP2K/cp2k/tools/toolchain/scripts/tool_kit.sh: line 663: /lustre/home/iff/lcarroll/CP2K/cp2k/tools/toolchain/install/COSMA-2.6.6/install_successful: No such file or directory<br>/lustre/home/iff/lcarroll/CP2K/cp2k/tools/toolchain/scripts/tool_kit.sh: line 663: /lustre/home/iff/lcarroll/CP2K/cp2k/tools/toolchain/install/gsl-2.7/install_successful: No such file or directory<br>/lustre/home/iff/lcarroll/CP2K/cp2k/tools/toolchain/scripts/tool_kit.sh: line 663: /lustre/home/iff/lcarroll/CP2K/cp2k/tools/toolchain/install/hdf5-1.14.2/install_successful: No such file or directory<br>/lustre/home/iff/lcarroll/CP2K/cp2k/tools/toolchain/scripts/tool_kit.sh: line 663: /lustre/home/iff/lcarroll/CP2K/cp2k/tools/toolchain/install/SpFFT-1.1.0/install_successful: No such file or directory<br><br>It then fails to install libxc, cosma, gsl, hdf5, spfft.<br><br>Why is it even trying to install these when I stated not to use it? or does --with-cosma=no mean something else?<br><br>I can imagine that these errors alone is what's causing the make of local.psmp to fail.</blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/624a2343-a240-4765-9bb8-c8adeae5927cn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/624a2343-a240-4765-9bb8-c8adeae5927cn%40googlegroups.com</a>.<br />