<div>Dear Tiang-Ning,</div><div>A failing Cholesky decomposition may have two causes: incorrect geometry or too diffuse basis functions. In your case, some atoms are overlapping. Please take into account that your unit cell is replicated in all three directions such that the distance between some atoms is smaller than it may seem on first glance. For instance, the atoms 97-100 are equivalent to each other (there are more!).</div><div>Best,</div><div>Frederick<br /></div><br /><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">Tian-Ning Chen schrieb am Mittwoch, 17. Juli 2024 um 21:11:01 UTC+2:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear CP2K experts<div><br></div><div>As CP2K beginner, I tried to do cell optimization for zeolite Beta-A unit cell (downloaded from IZA database), but I got error message "Cholesky decompose failed: the matrix is not positive definite or ill-conditioned." when the program performs preconditioner for SCF wavefunction optimization. I am not sure this is caused by bad geometry since Beta-A is directly downloaded from IZA database.</div><div><br></div><div>Beta_A.xyz, input and output are attached.<br></div><div><br></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:16px">I can turn the PRECONDITIONER OFF, but it cannot converge.</span><br></div><div><br></div><div>After expanding the unit cell by <span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:12pt"> </span><span lang="EN-US" style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:12pt;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial;color:black">2 × 2 × 1 to a </span><span style="color:black;font-family:Calibri,sans-serif;font-size:12pt">25.4 × 25.4 × 26.4 Å</span><sup style="color:black;font-family:Calibri,sans-serif"><span style="border:1pt none windowtext;padding:0cm">3</span></sup><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:16px"> supercell (</span>Beta_A_221_cellopt.xyz<span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:16px">), cell optimization can be performed. However, I want to use unit cell for NEB and DIMER. Can someone resolve the issue?</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:16px"><br></span></div><div>Much appreciation for your help!</div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/3ac0df05-f139-44a6-b6f1-612e2217bf28n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/3ac0df05-f139-44a6-b6f1-612e2217bf28n%40googlegroups.com</a>.<br />