Hi Sam <div><br /></div><div>The order of &KIND sections does not matter. </div><div>The indexing starts from 1</div><div>The list is the one either in &COOR or in an external coordinates file (e.g. xyz)</div><div>The Na atom in your list is kind 3</div><div><br /></div><div>Best</div><div>Marcella</div><div><br /><br /></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, June 20, 2024 at 12:49:48 AM UTC+2 varn...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi Marcella,<div><br></div><div>Thank you for the reply!</div><div><br></div><div>When you say coordinates' list, do you mean the &COORD section withing the &SUBSYS section? Does the order of the &KIND sections matter at all? Also, do you know if it is indexed starting at 0 or at 1?</div><div><br></div><div>Just to make sure I am understanding, here is an example set of COORDS:</div><div>H ... ... ...</div><div>O ... ... ...</div><div>H ... ... ...</div><div>Na ... ... ...</div><div><br></div><div>So, in this case, is it correct to say that if I want to exclude Na from the D3 corrections, the I should use D3_EXCLUDE_KIND 2 ? (since H appears first, O second, and Na third).</div><div><br></div><div>Thanks again for the help!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Sam<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Monday, June 17, 2024 at 11:55:15 PM UTC-7 Marcella Iannuzzi wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello Sam,<div><br></div><div>The required index is the order of appearance in the coordinates' list.</div><div>Regards</div><div>Marcella<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, June 18, 2024 at 12:08:10 AM UTC+2 <a rel="nofollow">varn...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello,<div><br></div><div>I have a very simple question about the D3_EXCLUDE_KIND method.</div><div><br></div><div>In the system definition, the KINDS are specified using elements symbols, e.g. H, O, Au and so forth. However, D3_EXCLUDE_KIND is asking for integers. Are the integers simply determined based on the order you specify in KIND? Are they indexed from 0 or from 1? Or is it the element number? (e.g. H corresponds to 1 and O corresponds to 8).</div><div><br></div><div>Thank you for the help!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Sam</div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/c2036807-c677-4644-9541-3b50e758af1bn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/c2036807-c677-4644-9541-3b50e758af1bn%40googlegroups.com</a>.<br />