Dear Diana, <div><br /></div><div>I am not sure that I fully understand your problem. </div><div>I suppose you are running metadynamics. If not, please provide more information.</div><div>If you properly restart the simulation, restarting also the metadynamics if this is the case, the new restart file contains the whole information.</div><div>The graph code can be used to evaluate the FES at any step using the last generated restart file.</div><div><br /></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br /></div><div><br /><br /></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, May 7, 2024 at 8:55:00 PM UTC+2 dimac...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hello everyone,<br>I hope you are doing well.<br><br>I am running calculations in a cluster that constrains them to 3 days per job; after these 3 days, I need to rerun the simulation from their last checkpoint.<br><br>CP2K generates a restart file during the simulation process, which is used by the graph.popt program (included in the CP2K module) to save the free energy surface (FES) path in a file called fes.dat. Likewise, the same restart file can be used to continue the simulation from its last interruption (checkpoint).<br><br>The inconvenience happens when the simulation is interrupted as the restart file only saves the simulation progress during the 3-day wall time. Hence, graph.popt can only save the fes path of the last piece of simulation. To avoid losing information, I copy the restart of the interrupted simulation to a new folder and continue the simulation in this new folder. However, graph.popt can read only one restart file, and I cannot find any way to create a restart file containing the information of the simulation (which is split into several pieces) and make it readable for graph.popt.<br><br>I would greatly appreciate it if someone could advise me on how to compute the FES of the whole simulation properly. <br><br>I wish you a great day, and thanks for your time,<br>Diana.<br></blockquote></div>

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