Dear all,<div><br /></div><div>I am currently conducting simulations on molecular adsorption onto a slab comprising 800 atoms, and I am seeking advice on the reliability of optimizers, specifically BFGS and CG.<br /><br />My initial observations show that BFGS tends to yield lower energy results compared to CG in less SCF cycles. However, during my experiments with varying freezing layer numbers of the slabs, I noticed that CG consistently produces the same final geometry, while BFGS generates different geometries. This has led me to believe that CG may be slightly more reliable; however, the convergence using CG is really slow.<br /><br />I would greatly appreciate any insights or suggestions regarding the choice between these optimizers, particularly in the context of molecular adsorption simulations.<br /></div><div><br /></div><div>Regards,</div><div>Hongyang<br /><br /></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, July 22, 2014 at 7:49:59 AM UTC+10 Julian Garrec wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><br><br>On Friday, July 18, 2014 1:29:12 PM UTC+2, Tobias Kraemer wrote:</div><div dir="ltr"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear all,<br><br><br><br></div></blockquote></div><div dir="ltr"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Another question in the context of geometry optimisations, is there a way to output both the cell axis along with the current<br>geometry of the model? The xyz does not contain info about the cell axis, while I seem to be unable to analyse each<br>step of the optimiation if I set the format in the output to pdb. Is there a viewer which could show both (essentially showing the<br>individual structures during the geometry optimisation steps and the cell axis).<br></div></blockquote></div><div dir="ltr"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"></div></blockquote><div><br>I would try to output a dcd<br><br>&MOTION<br> <br>  ...<br><br>    &PRINT<br>        &TRAJECTORY<br>            FILENAME =traj.dcd<br>            FORMAT  DCD<br>            &EACH<br>                MD 10<br>            &END<br>        &END TRAJECTORY<br><br>&END MOTION<br><br>then <br>   vmd -f your_initial_config[.xyx|.pdb] traj.dcd<br>Finally, in the tk console:<br>   pbc box<br><br> </div></div><div dir="ltr"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><br>Your answers are much appreciated ....<br><br><br>Best<br><br><br>Tobias<br><br> <br> </div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/e2ef78d7-c1ab-49e4-a735-42df815c2a82n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/e2ef78d7-c1ab-49e4-a735-42df815c2a82n%40googlegroups.com</a>.<br />