<div>Hello again, I found a similar thread (https://groups.google.com/g/cp2k/c/smtiySAL-iA) and I tried adding this line to my bash file (the mpirun was originally commented out)</div><br />inputFile=$dir/resp.in<br /> <br />mpirun -np 32 --oversubscribe cp2k.psmp -i $inputFile<br />cp2k.psmp $inputFile<br /><br />Now I am getting this aborted output file.<br /><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Monday, April 29, 2024 at 9:49:58 AM UTC-4 Michela Benazzi wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hello everyone!<br><br><div>I attached my <a href="http://resp.in" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=http://resp.in&source=gmail&ust=1714485614212000&usg=AOvVaw0rlAKuP0UINPolxGT3NZwZ">resp.in</a> file from this tutorial <a href="https://www.cp2k.org/exercises:2014_uzh_molsim:h2o_ff" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://www.cp2k.org/exercises:2014_uzh_molsim:h2o_ff&source=gmail&ust=1714485614212000&usg=AOvVaw3VQA0-Hgps8iLpQloXEwnf">https://www.cp2k.org/exercises:2014_uzh_molsim:h2o_ff</a></div><div></div><div><br></div><div>I am running CP2K on a remote supercomputer via shell (Discovery OOD with Northeastern University). I submit my jobs with this command: <i>sbatch [bash_file_name]</i>. I also attached my bash file.</div><div><br></div><div>I get the following error when running <a href="http://resp.in" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=http://resp.in&source=gmail&ust=1714485614212000&usg=AOvVaw0rlAKuP0UINPolxGT3NZwZ">resp.in</a>:</div><div><br></div><div>
<span>[c0167:19104] [[60785,0],0] ORTE_ERROR_LOG: Data unpack would read past end of buffer in file ../../openmpi-3.1.1/orte/util/show_help.c at line 501
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
-------------------------------------------------------------------------- <br></span></div><div><span><br></span></div><div><span>Does anyone know why this might be coming up in my output file?</span></div><div><span><br></span></div><div><span>Thank you very much!<br></span>

</div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/62345663-f0fc-4350-81d5-85f6abf3be0en%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/62345663-f0fc-4350-81d5-85f6abf3be0en%40googlegroups.com</a>.<br />