<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Aptos;
        panose-1:2 11 0 4 2 2 2 2 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Aptos",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Aptos",sans-serif;
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;
        mso-ligatures:none;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style>
</head>
<body lang="en-CH" link="blue" vlink="purple" style="word-wrap:break-word">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH" style="font-size:11.0pt;mso-fareast-language:EN-US">Hi Eugene<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH" style="font-size:11.0pt;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;mso-fareast-language:EN-US">You are running a pretty large system (with respect to cell size and number of atoms) even for a calculation at plain KS-DFT level. You have simply to invest more computational
 resources, i.e. more compute nodes. Alternatively, you can use a computationally less demanding methodological approach like a tight-binding (TB) method.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;mso-fareast-language:EN-US">HTH<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;mso-fareast-language:EN-US">Matthias<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div id="mail-editor-reference-message-container">
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:0cm;margin-right:0cm;margin-bottom:12.0pt;margin-left:36.0pt">
<b><span style="color:black">From: </span></b><span style="color:black">cp2k@googlegroups.com <cp2k@googlegroups.com> on behalf of Ir Iridium <192.22ir@gmail.com><br>
<b>Date: </b>Thursday, 21 March 2024 at 10:20<br>
<b>To: </b>cp2k <cp2k@googlegroups.com><br>
<b>Subject: </b>[CP2K:20049] How to limit RAM when calculating SP in large supercells<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt">Dear CP2K Community,<br>
<br>
I am a new user of CP2K and am constantly facing issues with insufficient memory when calculating large supercells. According to the manual, memory can be limited in the HF section. However, during energy calculations, this section is absent from the input
 file. After starting the calculation, it aborts when the program performs the SCF calculation without any error. This happens when the program takes up all available memory. Therefore, I would like to clarify how to limit the memory usage when calculating
 the SP of a large supercell.<br>
<br>
I am using CP2K version 2024.1. To run the calculation, I use the following commands:<br>
<br>
export OMP_NUM_THREADS=1<br>
mpirun -np 26 cp2k.psmp<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt">&GLOBAL<br>
  PROJECT 1ver0-23857_ASC-28<br>
  PRINT_LEVEL LOW<br>
  RUN_TYPE ENERGY<br>
&END GLOBAL<br>
<br>
&FORCE_EVAL<br>
  METHOD Quickstep<br>
  &SUBSYS<br>
    &CELL<br>
      A    68.15734400     0.00000000     0.00000000<br>
      B     0.00000000    42.98582200     0.00000000<br>
      C     0.00000000     0.00000000    52.38106900<br>
      PERIODIC XYZ #Direction(s) of applied PBC (geometry aspect)<br>
    &END CELL<br>
    &COORD<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt">    &END COORD<br>
    &KIND Se<br>
      ELEMENT Se<br>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q6<br>
      POTENTIAL GTH-PBE<br>
    &END KIND<br>
    &KIND O<br>
      ELEMENT O<br>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q6<br>
      POTENTIAL GTH-PBE<br>
    &END KIND<br>
    &KIND N<br>
      ELEMENT N<br>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q5<br>
      POTENTIAL GTH-PBE<br>
    &END KIND<br>
    &KIND C<br>
      ELEMENT C<br>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q4<br>
      POTENTIAL GTH-PBE<br>
    &END KIND<br>
    &KIND H<br>
      ELEMENT H<br>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q1<br>
      POTENTIAL GTH-PBE<br>
    &END KIND<br>
  &END SUBSYS<br>
<br>
  &DFT<br>
    BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT<br>
    POTENTIAL_FILE_NAME  POTENTIAL<br>
#   WFN_RESTART_FILE_NAME 1ver0-23857_ASC-28-RESTART.wfn<br>
    CHARGE    0 #Net charge<br>
    MULTIPLICITY    1 #Spin multiplicity<br>
    &QS<br>
      EPS_DEFAULT 1.0E-11 #Set all EPS_xxx to values such that the energy will be correct up to this value<br>
    &END QS<br>
    &POISSON<br>
      PERIODIC XYZ #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics<br>
      PSOLVER PERIODIC #The way to solve Poisson equation<br>
    &END POISSON<br>
    &XC<br>
      &XC_FUNCTIONAL PBE<br>
      &END XC_FUNCTIONAL<br>
      &VDW_POTENTIAL<br>
        POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL<br>
        &PAIR_POTENTIAL<br>
          PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat<br>
          TYPE DFTD3(BJ)<br>
          REFERENCE_FUNCTIONAL PBE<br>
          #CALCULATE_C9_TERM T #Calculate C9-related three-body term, more accurate for large system<br>
        &END PAIR_POTENTIAL<br>
      &END VDW_POTENTIAL<br>
    &END XC<br>
    &MGRID<br>
      CUTOFF  350<br>
      REL_CUTOFF  50<br>
    &END MGRID<br>
    &SCF<br>
      MAX_SCF 128<br>
      EPS_SCF 5.0E-06 #Convergence threshold of density matrix of inner SCF<br>
#     SCF_GUESS RESTART #Use wavefunction from WFN_RESTART_FILE_NAME file as initial guess<br>
      &DIAGONALIZATION<br>
        ALGORITHM STANDARD #Algorithm for diagonalization<br>
      &END DIAGONALIZATION<br>
      &MIXING #How to mix old and new density matrices<br>
        METHOD BROYDEN_MIXING #PULAY_MIXING is also a good alternative<br>
        ALPHA 0.4 #Default. Mixing 40% of new density matrix with the old one<br>
        NBROYDEN 8 #Default is 4. Number of previous steps stored for the actual mixing scheme<br>
      &END MIXING<br>
      &PRINT<br>
        &RESTART #Note: Use "&RESTART OFF" can prevent generating .wfn file<br>
          BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backup copies of wfn file. 0 means never<br>
        &END RESTART<br>
      &END PRINT<br>
    &END SCF<br>
    &PRINT<br>
      &MO_MOLDEN #Exporting .molden file containing wavefunction information<br>
        NDIGITS 9 #Output orbital coefficients if absolute value is larger than 1E-9<br>
      &END MO_MOLDEN<br>
    &END PRINT<br>
  &END DFT<br>
&END FORCE_EVAL<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><br>
For better understanding of the problem, I have attached the relevant calculation files. I would be very grateful if you could provide recommendations on limiting memory usage in such cases.<br>
<br>
Thank you in advance for your help, and I look forward to your response.<br>
<br>
Best regards,<br>
Eugene<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt">-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to
<a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br>
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/cdae1bfe-0490-4be0-b641-e54f60fcb406n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">
https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/cdae1bfe-0490-4be0-b641-e54f60fcb406n%40googlegroups.com</a>.<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/ZRAP278MB08270BDFA2BD96D298016C1AF4322%40ZRAP278MB0827.CHEP278.PROD.OUTLOOK.COM?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/ZRAP278MB08270BDFA2BD96D298016C1AF4322%40ZRAP278MB0827.CHEP278.PROD.OUTLOOK.COM</a>.<br />