Dear all,<div><br /></div><div>I have done SGCPMD simulation and get pdb file as trajectory. Is it possible to define a list of atoms in pdb file as a molecule and use <span style="background-color: rgb(231, 242, 250); color: rgb(0, 0, 0); font-family: SFMono-Regular, Menlo, Monaco, Consolas, "Liberation Mono", "Courier New", Courier, monospace; font-size: 14.4px; font-weight: 700;">MSD_PER_MOLKIND</span><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: SFMono-Regular, Menlo, Monaco, Consolas, "Liberation Mono", "Courier New", Courier, monospace; font-size: 14.4px; background-color: white;"> </span>to calculate mean square displacement for that molecule?</div><div><br /></div>&GLOBAL<br />  PROJECT msd001<br />  PRINT_LEVEL LOW<br />  RUN_TYPE MD<br />&END GLOBAL<br /><br />&MOTION<br />  &MD<br />    &REFTRAJ<br />      TRAJ_FILE_NAME emi_cpmd-pos-1.pdb<br />      FIRST_SNAPSHOT 12000<br />      LAST_SNAPSHOT 95818<br />      STRIDE 1<br />      REF0_FILENAME initial-emi.pdb<br />    &MSD<br />    MSD_PER_MOLKIND T<br />    &END MSD<br />    &END REFTRAJ<br />  &END MD<br />  &END MOTION<div><br /></div><div>Thanks,</div><div>Jiaming</div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/3c87319d-cd72-448c-a015-5ad6776b745an%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/3c87319d-cd72-448c-a015-5ad6776b745an%40googlegroups.com</a>.<br />