Hello can you please explain this to me <br /><br />1. According to this  F(s)=−kBTlogN(s) <br /><br /><span style="color: rgb(55, 65, 81); font-family: Söhne, ui-sans-serif, system-ui, -apple-system, "Segoe UI", Roboto, Ubuntu, Cantarell, "Noto Sans", sans-serif, "Helvetica Neue", Arial, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: 16px;">Is it always true that the free energy will be positive?</span><br />as N(S) probablity will be less than 0 and it's log will be negative <br /><br />2. I am getting different free energy curve from graph.psmp and manually by creating histogram. <br /><br />Thank you.<br /><br /><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Friday, September 1, 2023 at 12:28:11 PM UTC+5:30 Marcella Iannuzzi wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear Yuqi Wang, <div><br></div><div>The post processing code graph is compiled together with cp2k, and the executable is located in the same folder as the cp2k executable. </div><div>A list of available arguments for running the code is provided by just running it without any argument. </div><div><br></div><div>Regards</div><div>Marcella<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, August 31, 2023 at 4:01:13 PM UTC+2 Yuqi wang wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear all:<div><br><div>I got cp2k-HILLS.metadynLog and cp2k-COLVAR.metadynLog after performing metadynamic calculations. I want to draw a 2D plot related to CV through these two files. After I checked related content on the Internet, many pointed to graph.popt. But I didn't find any relevant introduction in the manual or official website. I would like to know where to find this part and how to use this to draw 2D plots.<br></div><div><br></div><div>Thank you for any help.</div><div><br>Best,<br></div><div>Yuqi Wang</div></div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/e28724ab-5c96-453b-9631-6f9f665fd7ban%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/e28724ab-5c96-453b-9631-6f9f665fd7ban%40googlegroups.com</a>.<br />