Dear Xu<div><br /></div><div>The way to do this type of simulation is to apply the alchemical change.</div><div>You can find an example input in </div><div><p style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">cp2k/tests/FE/regtest-1/Solv_alch_chng.inp</span></p><br /></div><div>In practice, you need a full set of coordinates that contains both ions, this will be the subsystem for the mixed force_eval, which takes care of the propagation of the equations of motion, where each atom maintains its own mass. Then you prepare other coordinates set for the subsystems of the individual force evals. The mixed force_eval needs to have the mapping, indicating which atoms of the full set belong to which individual force_eval.</div><div>I think it is more difficult to explain it in words than understanding  it directly from the example input. </div><div><br /></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br /></div><div><br /></div><div> </div><div><br /></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Monday, January 29, 2024 at 11:10:36 AM UTC+1 wangx...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear CP2K developers, <br>    I am sorry to bother you for a technical detail regarding the treatment of atom mass in the mixing force_evals calculation.<br>    I intend to investigate the free energy difference between Na-Cl and K-Cl ion pairs in aqueous solutions through FPMD-based thermodynamic coupling constant integration, i.e., transitioning Na(+) gradually into K(+) using the &MIXED section:<div><img alt="CP1.png" width="112px" height="82px" src="https://groups.google.com/group/cp2k/attach/a1a8718a1584/CP1.png?part=0.2&view=1"><br></div><div>together with the following settings in the &SUBSYS section:<br></div><div><img alt="CP2.png" width="126px" height="152px" src="https://groups.google.com/group/cp2k/attach/a1a8718a1584/CP2.png?part=0.1&view=1"><br></div><div>    During the simulation, energies and forces are mixed via lambda to solve the equation of motion. On the other hand, the masses of atoms are also required in the equation of motion. I am wondering how CP2K handles the mass of “Na” mentioned above in simulations with 0<lambda<1. Specifically, is it calculated as 0.5*(mass_Na+mass_K), lambda*mass_Na+(1- lambda)*mass_K, or utilizing another algorithm? Thanks in advance!<br></div><div><br></div><div>Sincerely,<br>Xu<br></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/cd3a0bac-0084-48cc-a320-33002977e45cn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/cd3a0bac-0084-48cc-a320-33002977e45cn%40googlegroups.com</a>.<br />