Dear CP2K community,<div><br /></div><div>I am interested in measuring the dipole moment of a system which consists of a protein solvated in water and equilibrated in the NVT ensemble. The system is periodic in all directions to simulate the bulk solvent, under the assumption that the periodic image of the protein is far enough to avoid an electrostatic influence (common practice when simulating proteins). After doing some measurements of the dipole moment for a reactant and a transititon state structure of a reaction occuring at the active site, using as a REFERENCE_POINT the coordinates of an atom involved in the reaction and PERIODIC T, I noticed that the direction of dipole moment vector changes quite drastically (opposite direction), which is unexpected since the charge distribution remains virtually the same. Since the system is not truly periodic (proteins in aqueous solution are not periodic materials), I used PERIODIC F and now the dipole moment vectors are consistent. Thus, my question is: would it be correct to measure the dipole moment in this case with PERIODIC F, despite the cell definition being PERIODIC XYZ, or would it give an unphysical result?</div><div><br /></div><div>Best regards,<br />Alex</div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/1364b04e-fa4c-40e1-8952-811886c78f9fn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/1364b04e-fa4c-40e1-8952-811886c78f9fn%40googlegroups.com</a>.<br />