Hi Fabian <div><br /></div><div>I think this is the main issue that's confusing me. I have a unit cell of YBCO with lattice parameters 3.8 3.9 11.7 (roughly), however increased the cell size as it was not working.  I realise my mistake is that the periodicity of the cell results in the atoms being on top of each other. In order that I can retrieve accurate lattice parameters for the bulk crystal how should I modify the coordinates? </div><div><br /></div><div>Many thanks </div><div>Ash<br /><br /></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, 24 October 2023 at 15:10:24 UTC+1 fabia...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div>Hi Ashley,</div><div><br></div><div>The ABC 4 4 12 seems a bit strange, are you sure this is correct? Two of the atoms are<br>
<p>Cu 0 0 0</p><p>Cu    3.820300    0.000000   11.683490</p>

</div><div>if your lattice is indeed 4 4 12 these two are almost on top of each other. I expect the cell is much too small which is why its size keeps increasing.<br></div><div><br></div><div>Also, did your scf converge and are there any warnings in the output?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Fabian</div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, 24 October 2023 at 15:50:28 UTC+2 Ashley Dickson wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I'm trying to perform a cell optimisation on a crystal of YBCO however the calculations always seem to spit out nonsense (the cell volume continually increases). I am using the structural data found on the open crystallography database which should be accurate. Is there perhaps something wrong with the unit cell I've chosen? The input is provided below:<div><br></div>





<p>&FORCE_EVAL</p>
<p>  METHOD Quickstep</p>
<p>  &DFT</p>
<p>    BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT</p>
<p>    POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS </p>
<p>    LSD</p>
<p>    &POISSON</p>
<p>       POISSON_SOLVER PERIODIC </p>
<p>       PERIODIC XYZ</p>
<p>       &END POISSON</p>
<p>    </p>
<p> &MGRID</p>
<p>      NGRIDS 5</p>
<p>      CUTOFF 800</p>
<p>       REL_CUTOFF 60</p>
<p>      </p>
<p>    &END MGRID</p>
<p>    &QS</p>
<p>      METHOD GPW</p>
<p>      EPS_PGF_ORB 1E-16</p>
<p>      </p>
<p>    &END QS</p>
<p>    &SCF</p>
<p>      &SMEAR ON</p>
<p>      ELECTRONIC_TEMPERATURE 1000</p>
<p>      METHOD FERMI_DIRAC</p>
<p>      &END SMEAR</p>
<p>      ADDED_MOS 700</p>
<p>      CHOLESKY INVERSE</p>
<p>      SCF_GUESS RESTART</p>
<p>      EPS_SCF 1.0E-6</p>
<p>      MAX_SCF 250</p>
<p>      </p>
<p>      </p>
<p>            </p>
<p>      &DIAGONALIZATION  ON</p>
<p>              ALGORITHM STANDARD</p>
<p>            &END DIAGONALIZATION</p>
<p>            &MIXING  T</p>
<p>                    METHOD BROYDEN_MIXING</p>
<p>                    ALPHA 0.5</p>
<p>                   BETA 1.5</p>
<p>                    NBUFFER 15</p>
<p>                   </p>
<p>                  &END MIXING</p>
<p>                   </p>
<p>    &END SCF</p>
<p><br></p>
<p>&KPOINTS </p>
<p>       SCHEME MONKHORST-PACK 2 2 2</p>
<p>       FULL_GRID yes</p>
<p>       SYMMETRY yes </p>
<p>       VERBOSE yes </p>
<p>       PARALLEL_GROUP_SIZE -1</p>
<p>&END KPOINTS</p>
<p><br></p>
<p>    &XC</p>
<p>      &XC_FUNCTIONAL PBE</p>
<p>      &END XC_FUNCTIONAL</p>
<p>       &XC_GRID</p>
<p>       USE_FINER_GRID T</p>
<p>       &END XC_GRID</p>
<p>    &END XC</p>
<p><br></p>
<p>  &END DFT</p>
<p>  &SUBSYS</p>
<p>       &COORD</p>
<p><br></p>
<p>Cu 0 0 0</p>
<p>Y    1.910150    1.942740    5.841745</p>
<p>Ba    1.910150    1.942740    2.148944</p>
<p>Ba    1.910150    1.942740    9.534546</p>
<p>Cu    0.000000    0.000000   11.683490</p>
<p>Cu    0.000000    3.885480    0.000000</p>
<p>Cu    0.000000    3.885480   11.683490</p>
<p>Cu    3.820300    0.000000    0.000000</p>
<p>Cu    3.820300    0.000000   11.683490</p>
<p>Cu    3.820300    3.885480    0.000000</p>
<p>Cu    3.820300    3.885480   11.683490</p>
<p>Cu    0.000000    0.000000    4.147756</p>
<p>Cu    0.000000    3.885480    4.147756</p>
<p>Cu    3.820300    0.000000    4.147756</p>
<p>Cu    3.820300    3.885480    4.147756</p>
<p>Cu    0.000000    0.000000    7.535734</p>
<p>Cu    0.000000    3.885480    7.535734</p>
<p>Cu    3.820300    0.000000    7.535734</p>
<p>Cu    3.820300    3.885480    7.535734</p>
<p>O    0.000000    1.942740    0.000000</p>
<p>O    0.000000    1.942740   11.683490</p>
<p>O    3.820300    1.942740    0.000000</p>
<p>O    3.820300    1.942740   11.683490</p>
<p>O    1.910150    0.000000    4.418579</p>
<p>O    1.910150    3.885480    4.418579</p>
<p>O    1.910150    0.000000    7.264911</p>
<p>O    1.910150    3.885480    7.264911</p>
<p>O    0.000000    1.942740    4.403858</p>
<p>O    3.820300    1.942740    4.403858</p>
<p>O    0.000000    1.942740    7.279632</p>
<p>O    3.820300    1.942740    7.279632</p>
<p>O    0.000000    0.000000    1.850665</p>
<p>O    0.000000    3.885480    1.850665</p>
<p>O    3.820300    0.000000    1.850665</p>
<p>O    3.820300    3.885480    1.850665</p>
<p>O    0.000000    0.000000    9.832825</p>
<p>O    0.000000    3.885480    9.832825</p>
<p>O    3.820300    0.000000    9.832825</p>
<p>O    3.820300    3.885480    9.832825</p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p>&END COORD  </p>
<p>    &TOPOLOGY</p>
<p>    </p>
<p>    </p>
<p>    &END TOPOLOGY</p>
<p>    &CELL</p>
<p>    SYMMETRY ORTHORHOMBIC</p>
<p>      ABC    4 4 12</p>
<p>      PERIODIC XYZ</p>
<p>    </p>
<p>    &END CELL</p>
<p>    </p>
<p>  </p>
<p>      &KIND O</p>
<p>        BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</p>
<p>        POTENTIAL GTH-PBE-q6</p>
<p>      &END KIND</p>
<p>      </p>
<p>      &KIND Ba</p>
<p>        BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</p>
<p>        POTENTIAL GTH-PBE-q10</p>
<p>      &END KIND</p>
<p>      </p>
<p>      &KIND Y</p>
<p>        BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</p>
<p>        POTENTIAL GTH-PBE-q11</p>
<p>      &END KIND</p>
<p>      </p>
<p>      &KIND Cu</p>
<p>        BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</p>
<p>        POTENTIAL GTH-PBE-q11</p>
<p>      &END KIND</p>
<p>&PRINT</p>
<p>&CELL HIGH</p>
<p><br></p>
<p>&END CELL</p>
<p><br></p>
<p>&END PRINT</p>
<p>      </p>
<p>  &END SUBSYS</p>
<p>  STRESS_TENSOR ANALYTICAL</p>
<p>  </p>
<p>  </p>
<p>&END FORCE_EVAL</p>
<p>&GLOBAL</p>
<p>  PROJECT     SZV</p>
<p>  RUN_TYPE    CELL_OPT</p>
<p>  PRINT_LEVEL MEDIUM</p>
<p>  </p>
<p>  </p>
<p>  &END GLOBAL</p>
<p>  </p>
<p>&MOTION</p>
<p><br></p>
<p>       &CELL_OPT</p>
<p><br></p>
<p>       KEEP_SYMMETRY .TRUE.</p>
<p>       OPTIMIZER BFGS</p>
<p>       KEEP_ANGLES</p>
<p><br></p>
<p>       EXTERNAL_PRESSURE [Pa] 100000</p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p>       &END CELL_OPT</p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<div>&END MOTION </div><div><br></div><div><br></div><div>Many thanks for any help,</div><div>Ash</div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/861c30f4-ccf5-444b-a751-fc6d34c95d49n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/861c30f4-ccf5-444b-a751-fc6d34c95d49n%40googlegroups.com</a>.<br />