The pos.xyz  output does not print periodic boundary conditions, you will have to apply them manually using your visualization software.<div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, 27 September 2023 at 08:25:38 UTC-7 Anirban wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear CP2K users,<div><br></div><div>I am running NVT equilibration for a small molecule in water. My waterbox has 1700 water molecules and cubic shape. I am using Charmm forcefield. Even though I use a periodic boundary condition, the waterbox changes shape after a few steps and water molecules start to move away. Can anyone please tell me what I might be doing wrong? </div><div><br></div><div>Thank you so much guys !</div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/5ed8f56e-5590-4e9e-8ea4-7d9f2503fc42n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/5ed8f56e-5590-4e9e-8ea4-7d9f2503fc42n%40googlegroups.com</a>.<br />