Yes, your box is too small.  Try placing in a larger box and using <div>https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS/TOPOLOGY/CENTER_COORDINATES.html</div><div>to move your atoms to the centre of the box.</div><div>Matt<br /><br /></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Monday, 21 August 2023 at 07:51:12 UTC+1 Rabu Changmai wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div>Dear all,</div><div><br></div><div> I want to run a AIMD calculation in cp2k. I have prepared a box using packmol consisting of my system and 104 water molecules with cubic size of 15.1 x 15.1 x 15.1. And I want the my system to be in the center.</div><div><br></div><div>It is a non-periodic system and everytime I run my calculation I am getting the many warnings</div><div><br></div><div>WARNING in particle_methods.F:684 :: The distance between the atoms   ***<br> *** 15 and 244 is only 0.465 angstrom and thus smaller than the threshold ***<br> *** of 0.500 angstrom <br></div><div><br></div><div>I have tried &POISSON</div><div>PERIODIC NONE</div><div>&END <br></div><div><br></div><div>I have tried PERIODIC NONE IN cell .</div><div><br></div><div>But its not working. Can anyone please help.</div><div>In VMD when I check the water molecules comes outside the box.</div><div><br></div><div>WHere am I making the mistake? Is it like the box is small or I don't know<br></div><div><br></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/054a4591-e90c-4050-aed7-2d4b1ee44a73n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/054a4591-e90c-4050-aed7-2d4b1ee44a73n%40googlegroups.com</a>.<br />