<div>Dear all,</div><div><br /></div><div> I want to run a AIMD calculation in cp2k. I have prepared a box using packmol consisting of my system and 104 water molecules with cubic size of 15.1 x 15.1 x 15.1. And I want the my system to be in the center.</div><div><br /></div><div>It is a non-periodic system and everytime I run my calculation I am getting the many warnings</div><div><br /></div><div>WARNING in particle_methods.F:684 :: The distance between the atoms   ***<br /> *** 15 and 244 is only 0.465 angstrom and thus smaller than the threshold ***<br /> *** of 0.500 angstrom <br /></div><div><br /></div><div>I have tried &POISSON</div><div>PERIODIC NONE</div><div>&END <br /></div><div><br /></div><div>I have tried PERIODIC NONE IN cell .</div><div><br /></div><div>But its not working. Can anyone please help.</div><div>In VMD when I check the water molecules comes outside the box.</div><div><br /></div><div>WHere am I making the mistake? Is it like the box is small or I don't know<br /></div><div><br /></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/220d465b-a8ed-4cbc-932a-53853fa41cf4n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/220d465b-a8ed-4cbc-932a-53853fa41cf4n%40googlegroups.com</a>.<br />