<div>Dear Luca,</div><div><br /></div><div>Thanks a lot for these suggestions. <br /></div><div><br /></div><div>You mentioned that we need to evaluate and provide the vectors. How does one evaluate it? Can you provide more insights on this?</div><div><br /></div><div>Please find attached my input file. Let me know if anything looks off.<br /></div><div><br /></div><div>Thanks,</div><div>Alex<br /></div><br /><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, 8 August 2023 at 04:52:22 UTC-4 luca bellucci wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear Alex,
<br>
<br>By default, dimer vectors are assigned randomly. However, if you
<br>prefer, you can assign each vector with its related keyword as follows:
<br>DIMER/DIMER_VECTOR
<br>
<br>Currently, there are no tools available for ad-hoc generation, so you
<br>need to evaluate and provide these vectors manually within the
<br>DIMER_VECTOR section. Refer to a restart file for additional
<br>information regarding the syntax.
<br>
<br>Your experience is quite common. Selecting a single configuration from
<br>metadynamics does not guarantee convergence, also when the chosen
<br>configuration closely resembles the transition state (TS). As a
<br>practice, I typically extract 5-6 conformations from a molecular
<br>dynamics (MD) simulation and perform a brief minimization using
<br>conjugate gradient (CG), usually with no more than 4/5 steps depending
<br>on the system. Subsequently, I initiate a dimer search on all these
<br>configurations or choose the most promising ones.
<br>
<br>For more specific info, please provide the input file.
<br>
<br>Best regards,
<br>
<br>Luca
<br>
<br>
<br>
<br>On Mon, 2023-08-07 at 20:26 -0700, Alex Brown wrote:
<br>> Dear CP2K Experts,
<br>> 
<br>> I am trying to refine potential transition states I obtained from
<br>> some Metadynamics calculations. I have looked at other conversations
<br>> on here around implementing dimer method and have learned a little
<br>> bit about that. 
<br>> 
<br>> I want to know how do one define the dimer vector for the
<br>> calculation? I ran a calculation without specifying the dimer vector
<br>> and the calculation fell into the reactant state.
<br>> 
<br>> Does anyone have any tips for this? 
<br>> 
<br>> Also is there any drawback of my strategy of using Metadynamics
<br>> calculation and guessing TS to later refine it? Just want to know if
<br>> people would have some tips or suggestions on this idea.
<br>> 
<br>> Thanks,
<br>> Alex
<br>> 
<br>> 
<br>> -- 
<br>> You received this message because you are subscribed to the Google
<br>> Groups "cp2k" group.
<br>> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it,
<br>> send an email to <a href data-email-masked rel="nofollow">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.
<br>> To view this discussion on the web visit 
<br>> <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/0ee9f9b6-2733-4e2f-906c-8800826aa86an%40googlegroups.com" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en-GB&q=https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/0ee9f9b6-2733-4e2f-906c-8800826aa86an%2540googlegroups.com&source=gmail&ust=1691628213546000&usg=AOvVaw0HxKKnwOsctV0muFRCdBTG">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/0ee9f9b6-2733-4e2f-906c-8800826aa86an%40googlegroups.com</a>
<br>> .
<br>
<br></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/4900d348-d12d-4632-84a5-50d97a276f55n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/4900d348-d12d-4632-84a5-50d97a276f55n%40googlegroups.com</a>.<br />