<div>Dear Cp2k community <br /></div><div>i was running an NVT simulation for water after 3000 steps it is showing me the error</div><div>CP2K requires molecules to be contiguous and we have detected a non *<br /> * [ABORT]    contiguous one!! In particular a molecule defined from index (   *<br /> *  \___/  4                   ) to (    41                   ) contains other *<br /> *    |     molecules, not connected! Too late at this stage everything should *<br /> *  O/|       be already ordered! If you have not yet employed the REORDERING  *<br /> * /| |            keyword, please do so.It may help to fix this issue.        *<br /> * / \                                            topology_generate_util.F:326 *<br /><br /><br />how to resolve this<br /><br />below i have attached input file <br />##############<br />!Specify Run Type and Print level<br />&GLOBAL<br />  PROJECT water<br />  RUN_TYPE MD<br />  PRINT_LEVEL MEDIUM<br />&END GLOBAL<br /><br />!Force avail section<br /><br />&FORCE_EVAL<br />  METHOD Quickstep<br />!STRESS_TENSOR ANALYTICAL<br />  &PRINT<br />    &FORCES ON<br />    &END FORCES<br />  &END PRINT<br /><br />  &DFT<br /><span style="white-space: pre;">        </span>BASIS_SET_FILE_NAME GTH_BASIS_SET<br />    <span style="white-space: pre;">        </span>POTENTIAL_FILE_NAME POTENTIAL<br /><span style="white-space: pre;">  </span>CHARGE 0<br />    <span style="white-space: pre;"> </span>MULTIPLICITY 1<br /> &XC<br />      &XC_FUNCTIONAL<br />        &MGGA_XC_B97M_V<br />        &END MGGA_XC_B97M_V<br />      &END XC_FUNCTIONAL<br />      &VDW_POTENTIAL<br />      &NON_LOCAL<br />      TYPE RVV10<br />      &END NON_LOCAL<br />      &END VDW_POTENTIAL<br />    &END XC<br />    <br /><span style="white-space: pre;">      </span>&QS<br />      EPS_DEFAULT 1.0E-07<br />    &END QS<br />    &MGRID<br />      CUTOFF 400<br />      NGRIDS 4<br />      REL_CUTOFF 70<br />    &END MGRID<br /><br />    &SCF<br />        SCF_GUESS ATOMIC<br />        EPS_SCF 1.0E-07<br />        MAX_SCF 20<br />        &OT ON<br />        MINIMIZER DIIS<br />        PRECONDITIONER FULL_ALL<br />        &END OT<br />        &OUTER_SCF<br />        MAX_SCF 100<br />        &END OUTER_SCF<br />    &END SCF<br />&END<br /><br />&SUBSYS<br />    &CELL <br />      ABC [angstrom] 10.00 10.00 10.00<br />    &END CELL<br />    &TOPOLOGY<br />      COORD_FILE_NAME new_water.pdb<br />      COORD_FILE_FORMAT PDB<br />    &END<br /><br />    &KIND H                              <br />      BASIS_SET TZV2P-GTH-q1<br />      POTENTIAL GTH-BLYP-q1            <br />    &END KIND<br />    &KIND O<br />      BASIS_SET TZV2P-GTH-q6<br />      POTENTIAL GTH-PBE-q6<br />    &END KIND<br />  &END SUBSYS<br />&END FORCE_EVAL<br /><br />&MOTION<br />&GEO_OPT<br />   OPTIMIZER LBFGS<br />   MAX_ITER  100<br />   MAX_FORCE 1.0E-03<br />   RMS_DR    1.0E-03<br />   RMS_FORCE 1.0E-03<br />   MAX_DR    1.0E-03<br />   &LBFGS<br />   &END<br /> &END<br /><br /> &MD<br />   ENSEMBLE NVT <br />   TEMPERATURE [K] 300<br />   TIMESTEP [fs] 0.5<br />   STEPS 30000<br />   &THERMOSTAT<br />     REGION MASSIVE<br />     TYPE GLE<br />     &GLE<br />       NDIM 5<br />       A_SCALE [ps^-1] 1.00<br />       A_LIST    1.859575861256e+2   2.726385349840e-1   1.152610045461e+1  -3.641457826260e+1   2.317337581602e+2<br />       A_LIST   -2.780952471206e-1   8.595159180871e-5   7.218904801765e-1  -1.984453934386e-1   4.240925758342e-1<br />       A_LIST   -1.482580813121e+1  -7.218904801765e-1   1.359090212128e+0   5.149889628035e+0  -9.994926845099e+0<br />       A_LIST   -1.037218912688e+1   1.984453934386e-1  -5.149889628035e+0   2.666191089117e+1   1.150771549531e+1<br />       A_LIST    2.180134636042e+2  -4.240925758342e-1   9.994926845099e+0  -1.150771549531e+1   3.095839456559e+2<br />     &END GLE<br />   &END THERMOSTAT<br /> &END<br /><br /> &PRINT<br />    &TRAJECTORY<br />      ADD_LAST NUMERIC<br />      FORMAT XYZ<br />      &EACH<br />        MD 1<br />      &END EACH<br />    &END TRAJECTORY<br /><br />    &RESTART<br />      ADD_LAST NUMERIC<br />      &EACH<br />        MD 1<br />      &END EACH<br />    &END RESTART<br />    &RESTART_HISTORY ON<br />    &END<br /><br />   &FORCES<br />     FILENAME forces_nvt<br />     &EACH<br />     MD 1<br />     &END EACH<br />   &END FORCES<br /><br />  &STRESS<br />     FILENAME stress_nvt<br />     &EACH<br />     MD 1<br />&END EACH<br />   &END STRESS<br /><br /> &END PRINT<br /><br /><br />&END<br />#####################</div><div><br /></div><div><br /></div><div><br /></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/46c77221-04e6-4cd9-ad0b-d46d3a275d5cn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/46c77221-04e6-4cd9-ad0b-d46d3a275d5cn%40googlegroups.com</a>.<br />