Dear Subhasish<div><br /></div><div>The behaviour is correct. For visualisation purposes, wrapping into the PBC box can be applied by VMD.</div><div>Kind regards</div><div>Marcella </div><div><br /></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, July 18, 2023 at 11:04:04 AM UTC+2 SUBHASISH MALLICK wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear cp2k users,<div><br></div><div>I hope this email finds you well. I have a query regarding my CP2K AIMD simulation involving a water box with periodic boundary conditions (PBC) in the XY direction. Here is an excerpt from my input file:</div><div> <i><font color="#ff0000">   &CELL<br>      ABC 24.4797   24.4797  200.0<br>      ALPHA_BETA_GAMMA 90.0 90.0 90.0<br>      PERIODIC XY<br>    &END CELL</font></i><br></div><div>During the simulation, I expected that when a water molecule crosses the box in the +X direction, it would reappear from the -X direction due to the periodicity. However, when I visualized the trajectory using VMD, I couldn't observe this behavior. Instead, the water molecule seemed to continue in the same direction after crossing the boundary.<br><br>I would like to confirm whether this behavior is normal when using the XYZ file format or if any modifications are needed in the input file to correctly represent the periodicity.<br><br>Any insights or suggestions would be greatly appreciated.<br><br>Thank you for your time and assistance.<br><br>Best regards,<br>Subhasish<br></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/76986073-d5fe-494d-aa20-f4af5e114b4fn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/76986073-d5fe-494d-aa20-f4af5e114b4fn%40googlegroups.com</a>.<br />