Dear cp2k users,<div><br /></div><div>I hope this email finds you well. I have a query regarding my CP2K AIMD simulation involving a water box with periodic boundary conditions (PBC) in the XY direction. Here is an excerpt from my input file:</div><div> <i><font color="#ff0000">   &CELL<br />      ABC 24.4797   24.4797  200.0<br />      ALPHA_BETA_GAMMA 90.0 90.0 90.0<br />      PERIODIC XY<br />    &END CELL</font></i><br /></div><div>During the simulation, I expected that when a water molecule crosses the box in the +X direction, it would reappear from the -X direction due to the periodicity. However, when I visualized the trajectory using VMD, I couldn't observe this behavior. Instead, the water molecule seemed to continue in the same direction after crossing the boundary.<br /><br />I would like to confirm whether this behavior is normal when using the XYZ file format or if any modifications are needed in the input file to correctly represent the periodicity.<br /><br />Any insights or suggestions would be greatly appreciated.<br /><br />Thank you for your time and assistance.<br /><br />Best regards,<br />Subhasish<br /></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/bcdb47f1-d014-46dc-8fa6-320e4c350f7bn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/bcdb47f1-d014-46dc-8fa6-320e4c350f7bn%40googlegroups.com</a>.<br />