My concern now is that the plot I get using<div><br /></div><div><span style="color: rgb(80, 0, 80);">graph.psmp -cp2k -file input.restart -ndim 2 -ndw 1  2  -out fes.dat</span></div><div><span style="color: rgb(80, 0, 80);"><br /></span></div><div><span style="color: rgb(80, 0, 80);">Is not identical when doing -ndim 3 and only mapping the first two CV</span></div><div><font color="#500050"><br /></font></div><div><span style="color: rgb(80, 0, 80);">graph.psmp -cp2k -file input.restart -ndim 3 -ndw 1  2  -out fes.dat</span><font color="#500050"><br /></font><br /></div><div>I am not sure how this could be, raw data itself looks correct but when plotting the surface it isn't the same the minimums and saddlepoint are completely different when plotting the same CV</div><div><br /></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, June 27, 2023 at 1:23:39 PM UTC-2:30 Liam H wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Nevermind I figured it out, by changing the -ndim to a higher number , it still allows you to map COLVAR -ndw 1 3<div><br></div><div>graph.psmp -cp2k -file input.restart -ndim 2 -ndw 1  3  -out fes.dat <br></div><div>Doesnt work</div><div><br></div><div>graph.psmp -cp2k -file input.restart -ndim 3 -ndw 1  3  -out fes.dat<br></div><div>works</div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, June 27, 2023 at 12:21:45 PM UTC-2:30 Liam H wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello.<div><br></div><div>I have been running metadynamics simulations with multiple colvar, 6 in this case.</div><div><br></div><div>This is because I want to be able to plot different surfaces with different colvar, because I can't visualize a 6 dimensional surface.</div><div><br></div><div>graph.psmp -cp2k -file input.restart -ndim 2 -ndw 1 2 -out fes.dat<br></div><div><br></div><div>This works fine to give me the 3D surface, (cv1,cv2,energy)</div><div>I would like to plot (cv1,cv3,energy) </div><div><br></div><div>but running the command:</div><div>graph.psmp -cp2k -file input.restart -ndim 2 -ndw 1 3 -out fes.dat<br></div><div><br></div><div>Does not work.</div><div><br></div><div>graph.psmp -cp2k -file input.restart -ndim 6 -ndw 1 2 3 4 5 6 -out fes.dat<br></div><div><br></div><div>This works but produces such a massive file its not practical to try and plot the 2d surface..</div><div>Is there any way to specify which cvs to be used in the plot, without plotting them all at once?<br></div><div><br></div><div><br></div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/405a8dc4-c2ca-4aa4-bba3-11230c036107n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/405a8dc4-c2ca-4aa4-bba3-11230c036107n%40googlegroups.com</a>.<br />