<div>Dear users<br /></div><div>I wish to post a question concerning  <br /></div><div></div><div><a href="https://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm" target="_blank">https://www.cp2k.org/howto:<span></span>biochem_qmmm</a></div><div><br /></div><div>In the section "Equilibration at MM level" <br /></div><div>it is suggested to<br /></div><div>"
Visualize your simulation to check for any abnormalities."</div><div><br /></div><div>Well, once incrd and prmtop files are written and after<br /></div><div>cp2k prints coordinates in xyz format,<br /></div><div>VMD (or or alike) don't distinguish to use select substructures of interests: <br /></div><div>everything is imaged at once.</div><div><br /></div><div>Of course, if atoms of interests are known, it is possible to write own code</div><div>(with Mathematics or alike) to visualize.<br /></div><div>However, may be there is an industrious solution?</div><div><br /></div><div>Would you comment?<br /></div><div>Thank you.</div><div><br /></div><div>Victor<br /></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/2993b327-5fe6-4283-87c0-a7fbe55a3216n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/2993b327-5fe6-4283-87c0-a7fbe55a3216n%40googlegroups.com</a>.<br />